More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1809 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1809  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 318 aa  630  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1501  anti-FecI sigma factor, FecR  44.33 
 
 		 315 aa  199  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1107  putative FecR  37.66 
 
 		 311 aa  155  7e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4737  anti-FecI sigma factor, FecR  35.22 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  28.34 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2427  anti-FecI sigma factor, FecR  31.63 
 
 		 324 aa  108  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  30.42 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  33 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  29.68 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  29.35 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  29.32 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  32.09 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  29.94 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  30.82 
 
 		 327 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  29.75 
 
 		 344 aa  95.1  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  29.47 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  30.43 
 
 		 342 aa  90.1  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  33.46 
 
 		 338 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  29.77 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  31.94 
 
 		 333 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  28.08 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  27.52 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  32.17 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  30.6 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  28.53 
 
 		 335 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  27.73 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  25.93 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  25.09 
 
 		 345 aa  80.5  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  27.54 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  26.33 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  32.7 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  30.45 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  27.05 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  31.12 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  32.1 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  27.7 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  31.84 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  25.72 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  26.54 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  27.93 
 
 		 351 aa  75.9  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  27.53 
 
 		 333 aa  75.9  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  28.17 
 
 		 332 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  24.39 
 
 		 396 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2952  anti-FecI sigma factor, FecR  33.49 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633834 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  35.27 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  30.77 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  28.76 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.42 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.19 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  31.11 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  28.33 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  36.69 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  27.83 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  27.15 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  25.41 
 
 		 383 aa  73.9  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  27.95 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  32.72 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  25.97 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  29.94 
 
 		 340 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  27.85 
 
 		 398 aa  73.2  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  27.18 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  32.46 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  28.01 
 
 		 345 aa  72  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  26.15 
 
 		 342 aa  72  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  25.99 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2388  anti-FecI sigma factor, FecR  30.11 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.464978  normal  0.514905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  28.63 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  27.98 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  32.38 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  29.12 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  26.2 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  26.37 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  31.68 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  27.86 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  32.43 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  29.43 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  24.85 
 
 		 336 aa  69.3  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  26.03 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  26.4 
 
 		 328 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  31.28 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0142  anti-FecI sigma factor, FecR  26.83 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26324  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  26.07 
 
 		 339 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  29.59 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1150  anti-FecI sigma factor, FecR  24.37 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  32.78 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  28.9 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  26.71 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  35.92 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  27.55 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  23.46 
 
 		 359 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  26.19 
 
 		 329 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3315  anti-FecI sigma factor, FecR  27.4 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  25.78 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  27.82 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  27.09 
 
 		 355 aa  66.2  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1225  FecR protein  22.94 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.615104  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  25.97 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  27.37 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>