More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4589 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 326 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  87.42 
 
 		 326 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  87.73 
 
 		 326 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  74.09 
 
 		 328 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  54.66 
 
 		 329 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  52.27 
 
 		 328 aa  271  9e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  47.87 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  46.95 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  40.26 
 
 		 324 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  40.27 
 
 		 324 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  34.83 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  35.8 
 
 		 350 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  35.33 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  36.54 
 
 		 324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  36.6 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  35.69 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  35.19 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  35.55 
 
 		 324 aa  136  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  35.47 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  33.65 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  34.66 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  30.03 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  33.64 
 
 		 334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  33.53 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  37.5 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  34.64 
 
 		 377 aa  123  5e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  34.32 
 
 		 319 aa  122  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  34.17 
 
 		 329 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  31.65 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.4 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  30.7 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  30.03 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  32.53 
 
 		 383 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  30.87 
 
 		 338 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  30.87 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  29.74 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  34.85 
 
 		 328 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  28.23 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  38.46 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  32.92 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.73 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  34.17 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  32.25 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  30.67 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  32.8 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  31.11 
 
 		 342 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  30.06 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  31.42 
 
 		 335 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  32.15 
 
 		 330 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  31.56 
 
 		 320 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  31.21 
 
 		 321 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  28.79 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  31.27 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  40.4 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  32.25 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  30.27 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  32.89 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  31.1 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 		 336 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  31.79 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  32.56 
 
 		 339 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  39.53 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 		 351 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  32.44 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  30.7 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  31.75 
 
 		 340 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  31.73 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  31.14 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  32.3 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  32.36 
 
 		 340 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  29.64 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  30.5 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.5 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  27.52 
 
 		 396 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  31.33 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  26.77 
 
 		 350 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  36 
 
 		 264 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  29.41 
 
 		 321 aa  99  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  28.19 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  31.07 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  29.47 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  36.41 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.58 
 
 		 374 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.58 
 
 		 374 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  31.76 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  34.07 
 
 		 357 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  30.38 
 
 		 328 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  30.18 
 
 		 328 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  28.89 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  28.48 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  32.06 
 
 		 342 aa  95.9  8e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  35.2 
 
 		 374 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  28.75 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  28.98 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>