More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4217 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
320 aa  645    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  90.94 
 
 
320 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  89.22 
 
 
351 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  87.81 
 
 
320 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  62.42 
 
 
321 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  62.13 
 
 
301 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  58.93 
 
 
321 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  50.46 
 
 
338 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  33.64 
 
 
334 aa  171  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  34.39 
 
 
337 aa  155  9e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  33.94 
 
 
334 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  34.53 
 
 
329 aa  143  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.73 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  31.15 
 
 
309 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  32.03 
 
 
324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  31.79 
 
 
320 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  31.51 
 
 
329 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  36.12 
 
 
318 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  33.12 
 
 
331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  30.85 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  30.29 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  31.05 
 
 
318 aa  109  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  32.23 
 
 
328 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  31.31 
 
 
319 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  30.42 
 
 
318 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3197  putative FecR  30.87 
 
 
312 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0381932  hitchhiker  0.0038104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  31.97 
 
 
327 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  30.28 
 
 
329 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  29.9 
 
 
311 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  30.82 
 
 
328 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  32.8 
 
 
331 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  29.47 
 
 
327 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  30.34 
 
 
319 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  32.82 
 
 
335 aa  99.8  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  29.67 
 
 
326 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  30.07 
 
 
321 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  28.26 
 
 
319 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  29.67 
 
 
326 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  33.12 
 
 
328 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  26.65 
 
 
350 aa  97.4  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  28.31 
 
 
320 aa  96.7  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  30.52 
 
 
317 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  29.51 
 
 
316 aa  96.3  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  30.52 
 
 
317 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
314 aa  95.9  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2904  putative FecR  28 
 
 
327 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  29.3 
 
 
330 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  33.22 
 
 
320 aa  94  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  29.19 
 
 
329 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  30.41 
 
 
310 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  29.5 
 
 
324 aa  92.4  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  29.57 
 
 
325 aa  92  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  29.5 
 
 
324 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  29.74 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  26.28 
 
 
315 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  33.1 
 
 
316 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  29.97 
 
 
320 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  31.44 
 
 
314 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  29.49 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  28.21 
 
 
350 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 
375 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 
333 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  27.03 
 
 
368 aa  87.8  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2213  putative FecR  31.16 
 
 
325 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  29.49 
 
 
377 aa  87  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  29.25 
 
 
357 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  31.06 
 
 
314 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  33.8 
 
 
313 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  24.26 
 
 
383 aa  86.3  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  30.56 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2338  anti-FecI sigma factor, FecR  32.2 
 
 
314 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633615  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  29.79 
 
 
336 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  27.67 
 
 
328 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  26.37 
 
 
328 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  30.73 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3127  putative FecR  27.67 
 
 
326 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.892412  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  28.75 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  30.03 
 
 
308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  28.43 
 
 
322 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  29.77 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  27.81 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.46 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.46 
 
 
374 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  31.51 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  27.57 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  32.86 
 
 
332 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  27.42 
 
 
327 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  27.3 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  30.03 
 
 
311 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 
339 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  27.92 
 
 
351 aa  82  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  29.33 
 
 
319 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  27.67 
 
 
322 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  26.62 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  29.15 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  29.47 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  27.48 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0301883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>