More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0734 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 310 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  90.65 
 
 		 328 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  90 
 
 		 328 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4484  anti-FecI sigma factor, FecR  72.58 
 
 		 310 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.656085 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  31.1 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  34.18 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  28.47 
 
 		 330 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  30.12 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  28.47 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  31.71 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  29.74 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  27.59 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  30.42 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  31.31 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.28 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  29.15 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  29.54 
 
 		 331 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  29.47 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  29.25 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  30 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  27.36 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  30.21 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  29.53 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  28.57 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  27.85 
 
 		 328 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  28.93 
 
 		 327 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  28.89 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  30.3 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  29.94 
 
 		 338 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  28.25 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  29.18 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  27.07 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  31.31 
 
 		 351 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 		 327 aa  97.8  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  31.02 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  32.38 
 
 		 323 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.61 
 
 		 311 aa  95.9  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  28.3 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  27.1 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  28.28 
 
 		 321 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  30.13 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  28.99 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  31.16 
 
 		 313 aa  93.2  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  30.03 
 
 		 320 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  29.87 
 
 		 320 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  28.66 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.19 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  28.85 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  27.18 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  30.19 
 
 		 320 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  31.76 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  26.35 
 
 		 329 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  29.78 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  28.35 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  31.61 
 
 		 327 aa  89.7  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  31.73 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  31.68 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  26.4 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  27.39 
 
 		 377 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  27.5 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  31.91 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  30.72 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  27.86 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2103  anti-FecI sigma factor, FecR  25.95 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.678011 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  28.03 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37420  putative transmembrane sensor protein  29.94 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.267456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  25 
 
 		 322 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  31.61 
 
 		 323 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  26.92 
 
 		 325 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  26.54 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.86 
 
 		 368 aa  86.3  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  28.53 
 
 		 353 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 		 325 aa  85.9  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  25.99 
 
 		 334 aa  85.9  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  28.34 
 
 		 327 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  28 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  29.68 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  31.65 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  25.86 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37980  putative Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  28.75 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00265184  normal  0.0208679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  32.84 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  27.02 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.45 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  29.97 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  34.27 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  29.53 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  30.28 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  24.92 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  30.48 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  28.66 
 
 		 328 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  33.16 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17700  anti-sigma factor, FecR family  29.28 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  30.53 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  27.92 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>