More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4400 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  100 
 
 		 350 aa  680    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  71.21 
 
 		 327 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  65.45 
 
 		 329 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  40.88 
 
 		 331 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  38.19 
 
 		 328 aa  153  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  36.11 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  39.25 
 
 		 331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  35.31 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  32.38 
 
 		 314 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  33.53 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  35.22 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  35.03 
 
 		 329 aa  133  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  32.41 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  34.59 
 
 		 326 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  32.02 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  35.1 
 
 		 309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  29.76 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  30.5 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  34.46 
 
 		 335 aa  126  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  34.43 
 
 		 327 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  30.13 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  32.67 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  26.41 
 
 		 350 aa  123  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  31.39 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  32.7 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  32.45 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  29.51 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  30.46 
 
 		 318 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  32.83 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  30.34 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  29.22 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  34.6 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  29.9 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.9 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  30.89 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  32.08 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  31.09 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  30.67 
 
 		 329 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  31.76 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  32.93 
 
 		 315 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  32.89 
 
 		 328 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  31.21 
 
 		 319 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  27.1 
 
 		 383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.21 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  34.75 
 
 		 330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  34.75 
 
 		 330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  32.68 
 
 		 314 aa  109  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  26.95 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  27.88 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  30.09 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  27.67 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  34.1 
 
 		 317 aa  105  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  36.5 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  36.45 
 
 		 274 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  28.83 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  28.61 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  27.88 
 
 		 321 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  32.04 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  28.94 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  33.76 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  29.58 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  30.09 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  32.67 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4484  anti-FecI sigma factor, FecR  29.49 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.656085 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  30.72 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  28.97 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  27.41 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  28.35 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  26.87 
 
 		 322 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  31.95 
 
 		 325 aa  99.4  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  29.49 
 
 		 342 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1833  FecR protein  27.67 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.56 
 
 		 368 aa  98.6  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  31.21 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  32.46 
 
 		 315 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  31.27 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  30.65 
 
 		 377 aa  96.7  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  32.81 
 
 		 329 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.62 
 
 		 374 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  29.15 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  29.6 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  26.13 
 
 		 351 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.62 
 
 		 374 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  35.29 
 
 		 280 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  33.44 
 
 		 311 aa  95.9  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  30.97 
 
 		 345 aa  95.1  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  32 
 
 		 357 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  29.08 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  24.19 
 
 		 359 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  32.26 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  33.77 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  30.61 
 
 		 324 aa  94  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2427  anti-FecI sigma factor, FecR  32.47 
 
 		 324 aa  93.6  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1133  anti-FecI sigma factor, FecR  30.87 
 
 		 322 aa  93.2  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  30.84 
 
 		 328 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  31.73 
 
 		 316 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>