More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1006 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 320 aa  645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  95.08 
 
 		 351 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  90.94 
 
 		 320 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  93.12 
 
 		 320 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  63.35 
 
 		 321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  61.46 
 
 		 301 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  59.27 
 
 		 321 aa  359  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  50.15 
 
 		 338 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  35.09 
 
 		 334 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  35.06 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  34.39 
 
 		 337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  34.84 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  34.6 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  30.89 
 
 		 317 aa  135  9e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  35.97 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  31.19 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  30.77 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  34.46 
 
 		 331 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  31.77 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  32.27 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  32.31 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  30.86 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  29.89 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  30.39 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3197  putative FecR  30.7 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0381932  hitchhiker  0.0038104 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  29.28 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  29.58 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  30.43 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  28.89 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  30.72 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  30.12 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  27.9 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  32.17 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  33 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  29.87 
 
 		 327 aa  99.8  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.94 
 
 		 335 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  31.29 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  26.73 
 
 		 350 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  31.21 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  30.67 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  29.33 
 
 		 329 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  32.15 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  30.72 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  27.81 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  27.96 
 
 		 368 aa  93.6  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2904  putative FecR  27.84 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  31.14 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  26.54 
 
 		 383 aa  92.4  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  30.1 
 
 		 326 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  29.11 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  28.95 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  27.33 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  32.89 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  30.1 
 
 		 326 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  29.18 
 
 		 324 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 375 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  35.32 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  33.33 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  25.6 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  29.41 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  26.61 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  26.15 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  29.25 
 
 		 357 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  28.43 
 
 		 377 aa  87  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2338  anti-FecI sigma factor, FecR  36.82 
 
 		 314 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633615  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  29.43 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  27.56 
 
 		 327 aa  85.9  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  34.83 
 
 		 314 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  29.83 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  30 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  28.68 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3127  putative FecR  26.28 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.892412  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  31.19 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  29.79 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  29.34 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  29.54 
 
 		 328 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  29.04 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  32.99 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4484  anti-FecI sigma factor, FecR  30.54 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.656085 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2213  putative FecR  33.03 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  30.74 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  30.42 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  29.63 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.63 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  31.61 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  27.6 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  27.57 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  27.61 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  28.87 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  29.11 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  30.26 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  29.25 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  30.22 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.96 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  24.76 
 
 		 322 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>