More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1443 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 320 aa  655    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  31.65 
 
 		 368 aa  146  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  31.31 
 
 		 321 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  30.38 
 
 		 351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  30.09 
 
 		 350 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  32.06 
 
 		 327 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.84 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  31.52 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  35.59 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  32.75 
 
 		 327 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  30.03 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  30.91 
 
 		 325 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  28.88 
 
 		 345 aa  126  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  30.91 
 
 		 337 aa  125  7e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  29.23 
 
 		 336 aa  125  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  32.31 
 
 		 338 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  30.96 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  29.58 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  29.77 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 326 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  29.57 
 
 		 330 aa  122  6e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  35.64 
 
 		 331 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  26.81 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  29.19 
 
 		 331 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  30.15 
 
 		 326 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  28.48 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  31.35 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  27.87 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  29.28 
 
 		 331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  29.72 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  29.23 
 
 		 324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  32.2 
 
 		 331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 342 aa  115  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  26.92 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  29.3 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  28.7 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  29.33 
 
 		 318 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  27.61 
 
 		 318 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  31.32 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  28.65 
 
 		 373 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  30.12 
 
 		 328 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  29.26 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  27.3 
 
 		 377 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  28.81 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  27.58 
 
 		 342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 		 317 aa  110  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  27.07 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  30.29 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  27.71 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 		 342 aa  109  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  32.21 
 
 		 340 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.51 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  30.58 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  28.49 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  33.18 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  25.08 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  29.3 
 
 		 357 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  30.42 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  30.39 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  32.82 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  28.57 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  30.39 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  31 
 
 		 328 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  32.74 
 
 		 268 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  29.45 
 
 		 328 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  28.61 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  29.49 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  32.58 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  29.87 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  29.17 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  31.49 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  27.8 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  26.39 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  26.95 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  27.09 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  26.79 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  27.24 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1522  anti-FecI sigma factor, FecR  30.9 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.802422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  28.25 
 
 		 350 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  28.31 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  28.42 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  27.49 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  30.33 
 
 		 315 aa  102  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  27.38 
 
 		 342 aa  102  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.69 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  30.45 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  29.06 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  31.11 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  28.06 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  27.03 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  25.16 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  30.52 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 		 345 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  35.71 
 
 		 351 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  26.75 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  31.22 
 
 		 320 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  32.49 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  26.4 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>