More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1412 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
317 aa  642    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  87.7 
 
 
317 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  42.04 
 
 
328 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  37.35 
 
 
329 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  35.76 
 
 
316 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  30.55 
 
 
324 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  33.23 
 
 
320 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  32.8 
 
 
320 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  31.85 
 
 
320 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  35.19 
 
 
326 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  30.55 
 
 
324 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  32.8 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  32.58 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  31.79 
 
 
321 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  31.97 
 
 
318 aa  132  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  36.73 
 
 
326 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  31.61 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  33.65 
 
 
328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  35.8 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  28.21 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  34.72 
 
 
315 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  29.94 
 
 
330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  29.32 
 
 
328 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  28.19 
 
 
351 aa  119  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  29.75 
 
 
315 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1522  anti-FecI sigma factor, FecR  29.3 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.802422  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  29.28 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  29.34 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.96 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  30.72 
 
 
377 aa  116  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  29.1 
 
 
320 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  30.74 
 
 
325 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3315  anti-FecI sigma factor, FecR  30.89 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  24.7 
 
 
350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  31.19 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  29.08 
 
 
337 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  29.26 
 
 
320 aa  112  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  29.1 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  27.13 
 
 
336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  28.76 
 
 
328 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  28.13 
 
 
319 aa  109  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  31.33 
 
 
331 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  30.62 
 
 
331 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  30.87 
 
 
328 aa  108  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  31 
 
 
309 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.35 
 
 
335 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  30.19 
 
 
315 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  29.53 
 
 
331 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  30.34 
 
 
331 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  29.08 
 
 
316 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2213  putative FecR  30.21 
 
 
325 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  29.11 
 
 
317 aa  106  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 
327 aa  105  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  26.38 
 
 
327 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  32.57 
 
 
324 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  27.33 
 
 
326 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  28.76 
 
 
320 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 
339 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  32.86 
 
 
374 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  28.39 
 
 
329 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0481  putative FecR  31.42 
 
 
327 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.133336  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  29 
 
 
315 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  26.56 
 
 
327 aa  102  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.07 
 
 
374 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  30.03 
 
 
338 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 
345 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  32.86 
 
 
374 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  27.07 
 
 
333 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  27.04 
 
 
350 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  29.39 
 
 
316 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.58 
 
 
301 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  32.8 
 
 
329 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  27.99 
 
 
323 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  25.86 
 
 
322 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  28.39 
 
 
340 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  26.32 
 
 
320 aa  98.6  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  29.32 
 
 
329 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  27.88 
 
 
320 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  27.51 
 
 
368 aa  96.7  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  26.83 
 
 
319 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  29.37 
 
 
327 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  33.01 
 
 
356 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  27.62 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  26.96 
 
 
328 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  27.22 
 
 
314 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  25.96 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  28.9 
 
 
307 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  29.51 
 
 
318 aa  92.8  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  29.65 
 
 
321 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  29.64 
 
 
336 aa  92.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  29.39 
 
 
321 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  28.66 
 
 
327 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  28.3 
 
 
340 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  24.78 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3197  putative FecR  25.81 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0381932  hitchhiker  0.0038104 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  26.1 
 
 
319 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  27.04 
 
 
318 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  28.12 
 
 
321 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  26.18 
 
 
334 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  27.87 
 
 
320 aa  89.7  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>