More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1204 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  100 
 
 
320 aa  640    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  36.72 
 
 
315 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  37.16 
 
 
323 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  37.3 
 
 
324 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  39.02 
 
 
320 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  38.84 
 
 
317 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  37.42 
 
 
318 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  39.68 
 
 
320 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  38.66 
 
 
307 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  36.74 
 
 
313 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  36.6 
 
 
315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  39.25 
 
 
330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  34.82 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  38.85 
 
 
311 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  35.93 
 
 
314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  36.1 
 
 
327 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  34.38 
 
 
311 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  37.7 
 
 
321 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  38.12 
 
 
318 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  37.06 
 
 
320 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  39.56 
 
 
327 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  37.67 
 
 
323 aa  159  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  36.13 
 
 
316 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  36.02 
 
 
323 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  37.5 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  38.24 
 
 
328 aa  155  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  37.13 
 
 
318 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  35.96 
 
 
327 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  37.22 
 
 
323 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  35.96 
 
 
314 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  34.47 
 
 
319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  35.67 
 
 
318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  37.35 
 
 
327 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  37.66 
 
 
323 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  36.31 
 
 
315 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  32.35 
 
 
320 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.02 
 
 
317 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  36.53 
 
 
336 aa  149  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  34.38 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
325 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  34.52 
 
 
313 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37980  putative Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  37.22 
 
 
317 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00265184  normal  0.0208679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 
318 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  35.62 
 
 
311 aa  146  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
321 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  33.02 
 
 
316 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  37.5 
 
 
323 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  34.36 
 
 
317 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  34.36 
 
 
317 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  34.06 
 
 
318 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  34.36 
 
 
317 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  33.02 
 
 
329 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  34.36 
 
 
317 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  36.36 
 
 
321 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  32.91 
 
 
318 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  35.18 
 
 
308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  33.65 
 
 
309 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  35.5 
 
 
317 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  34.05 
 
 
317 aa  143  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  34.75 
 
 
327 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  34.64 
 
 
340 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1050  putative FecR  34.42 
 
 
318 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  34.58 
 
 
328 aa  142  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  36.45 
 
 
316 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  35.94 
 
 
316 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  35.18 
 
 
340 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  35.93 
 
 
353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  33.88 
 
 
317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  32.59 
 
 
327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  35.76 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  32.36 
 
 
315 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  35.37 
 
 
332 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  35.08 
 
 
327 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  34.76 
 
 
328 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  33.97 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  33.54 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  31.09 
 
 
320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  33.44 
 
 
318 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  33.13 
 
 
319 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  31.06 
 
 
327 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  35.22 
 
 
328 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  34.69 
 
 
331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  32.38 
 
 
314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  32.58 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  33.33 
 
 
321 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  35.67 
 
 
330 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  35.67 
 
 
330 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  36.09 
 
 
329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  35.37 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  33.76 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  33.75 
 
 
334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  33.75 
 
 
334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  33.75 
 
 
356 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  33.75 
 
 
334 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17700  anti-sigma factor, FecR family  33.65 
 
 
323 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  31.29 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  31.51 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  33.01 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  32.49 
 
 
377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  33.23 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>