More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1630 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  100 
 
 
324 aa  642    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  33.43 
 
 
334 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  36.6 
 
 
324 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  36.17 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  33.75 
 
 
328 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  32.8 
 
 
326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  35.02 
 
 
317 aa  116  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  33.64 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  31.48 
 
 
338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  39.9 
 
 
331 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  28.75 
 
 
319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  32.68 
 
 
328 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  33.76 
 
 
331 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 
326 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  31.03 
 
 
326 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  30.67 
 
 
334 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  28.22 
 
 
328 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  28.98 
 
 
321 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  26.75 
 
 
321 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  27.04 
 
 
329 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  29.58 
 
 
319 aa  99  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  33.18 
 
 
337 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  29.07 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  32.02 
 
 
357 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  35.35 
 
 
329 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  30.21 
 
 
331 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  26.67 
 
 
301 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 
351 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  27.22 
 
 
317 aa  94  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  30.61 
 
 
350 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  28.39 
 
 
331 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  27.38 
 
 
317 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  30.13 
 
 
339 aa  92.8  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  32.84 
 
 
328 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 
320 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  28.31 
 
 
331 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  27.41 
 
 
327 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  31.96 
 
 
329 aa  90.5  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  29.04 
 
 
327 aa  90.1  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  31.08 
 
 
329 aa  89.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  33.17 
 
 
335 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  27.03 
 
 
383 aa  89.4  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  29.22 
 
 
342 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  35 
 
 
318 aa  89  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  26.93 
 
 
318 aa  86.7  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4737  anti-FecI sigma factor, FecR  34.86 
 
 
324 aa  86.3  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  30.5 
 
 
318 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  26.07 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  35.5 
 
 
280 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  28.03 
 
 
324 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  31.15 
 
 
384 aa  84.3  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1381  anti-FecI sigma factor, FecR  32.52 
 
 
408 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0722919  normal  0.75398 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1491  anti-FecI sigma factor, FecR  31.28 
 
 
340 aa  83.2  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.369724 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.1 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  34.52 
 
 
277 aa  83.2  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.15 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  33.11 
 
 
378 aa  82.8  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  35.29 
 
 
268 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  28.69 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  28.66 
 
 
313 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  31.84 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  29.47 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  31.73 
 
 
311 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  28.51 
 
 
339 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  29.49 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  24.23 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  26.81 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0442  FecR protein  35.17 
 
 
390 aa  79.7  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  28.57 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  32.07 
 
 
342 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  27.71 
 
 
319 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  32.42 
 
 
333 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2427  anti-FecI sigma factor, FecR  28.8 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115573  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  28.57 
 
 
327 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  22.06 
 
 
350 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  23.7 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  28.72 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  27.72 
 
 
374 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  32.18 
 
 
386 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 
379 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1522  anti-FecI sigma factor, FecR  29.74 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.802422  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  30.58 
 
 
333 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  29.63 
 
 
344 aa  76.6  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  29.87 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  30.11 
 
 
398 aa  76.3  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  29.51 
 
 
308 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  26.74 
 
 
337 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  30.88 
 
 
307 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  27.24 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2144  anti-FecI sigma factor, FecR  30.14 
 
 
283 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.634056  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  28.16 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  26.09 
 
 
329 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  29.63 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  24.05 
 
 
368 aa  75.9  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  25.24 
 
 
325 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>