More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1007 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 351 aa  714    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  94.38 
 
 		 320 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  97.05 
 
 		 320 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  88.44 
 
 		 320 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  63.06 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  60.47 
 
 		 301 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  57.05 
 
 		 321 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  49.53 
 
 		 338 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  33.33 
 
 		 334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  36.17 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  33.76 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  34.19 
 
 		 329 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  29.94 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  31.7 
 
 		 324 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  34.6 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  30.98 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  31.77 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  34.78 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  32.54 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  31.63 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  31.1 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  31.05 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  29.58 
 
 		 329 aa  109  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  31.96 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  28.97 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  28.88 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3197  putative FecR  30.48 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0381932  hitchhiker  0.0038104 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  32.4 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  31.54 
 
 		 326 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  32.91 
 
 		 331 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.71 
 
 		 335 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  29.5 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  32.15 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  28.84 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  27.39 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  31.19 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  31.21 
 
 		 317 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  29.19 
 
 		 329 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  26.72 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  26.18 
 
 		 350 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.68 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  29.21 
 
 		 319 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  28.83 
 
 		 329 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  30.89 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2904  putative FecR  27.48 
 
 		 327 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  27.59 
 
 		 350 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  28.66 
 
 		 325 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  28.86 
 
 		 326 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  32.37 
 
 		 320 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  32.32 
 
 		 315 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  28.86 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  28.44 
 
 		 377 aa  92  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  35.47 
 
 		 314 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  33.33 
 
 		 316 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.4 
 
 		 314 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  25.49 
 
 		 383 aa  91.3  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  27.33 
 
 		 328 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  25.48 
 
 		 320 aa  89.4  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  30.34 
 
 		 313 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  34.98 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  29.55 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  32.38 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  28.1 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  29.25 
 
 		 315 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  28.66 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3127  putative FecR  27.24 
 
 		 326 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.892412  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  28.85 
 
 		 357 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  28.66 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  31.27 
 
 		 333 aa  87.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  29.07 
 
 		 320 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  32.99 
 
 		 316 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  28.91 
 
 		 330 aa  86.7  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.45 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  27.6 
 
 		 345 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.86 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  27.19 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2213  putative FecR  30.77 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  27.16 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  28.8 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  29.5 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  26.47 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  29.43 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  29.69 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  28.83 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  28.04 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  26.94 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  29.87 
 
 		 308 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  27.84 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  29.08 
 
 		 316 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2338  anti-FecI sigma factor, FecR  35.47 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  27.81 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  29.7 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  24.92 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  28.96 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  27.85 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  27.59 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0481  putative FecR  27.22 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.133336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  26.11 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0301883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>