More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4534 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  100 
 
 		 316 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  37.62 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  40.89 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  35.76 
 
 		 317 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  35.76 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  40.32 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  34.97 
 
 		 319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  36.22 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  34.87 
 
 		 319 aa  152  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  35.6 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  35.29 
 
 		 324 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  34.78 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  35.53 
 
 		 377 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  33.94 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  34.55 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  33.03 
 
 		 350 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  34.38 
 
 		 338 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  33.01 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  34.48 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  33.01 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  34.72 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  33.22 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  31.73 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  33.53 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  32.62 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  33.03 
 
 		 326 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  33.93 
 
 		 335 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  32.73 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1522  anti-FecI sigma factor, FecR  32.11 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.802422  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  34.25 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  33.93 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  35.37 
 
 		 328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  33.11 
 
 		 327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  33.56 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  34.34 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  32.73 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  33.56 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  34.5 
 
 		 329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  32.48 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  36.22 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  33.81 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  36.84 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  35.59 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  35.59 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  31.06 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  30.98 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  29.3 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  32.53 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  34.84 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  35.14 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  30.9 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  33.22 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  33.56 
 
 		 340 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  36.16 
 
 		 318 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  33.56 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  33.11 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  32.21 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  31.15 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  36.47 
 
 		 374 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  36.47 
 
 		 374 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  35.87 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  33.02 
 
 		 324 aa  108  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  25.93 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  34.74 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  36.59 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  29.87 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  29.47 
 
 		 337 aa  105  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  32.17 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  32.69 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  29.67 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  34.71 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  38.34 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  31.34 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  31.34 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  30.77 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  32.21 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  30.82 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2978  putative FecR  35.93 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.651501  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  33.66 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  30.77 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  33.45 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  30.77 
 
 		 317 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  31.09 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  37.26 
 
 		 374 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6087  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 332 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.223277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  32.82 
 
 		 331 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  27.3 
 
 		 336 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  32.48 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  32.34 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  32.81 
 
 		 331 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  30.43 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  30.84 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.38 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  31.56 
 
 		 336 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  32.17 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  33.22 
 
 		 313 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  38.38 
 
 		 333 aa  100  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>