More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2233 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  100 
 
 		 327 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  41.64 
 
 		 322 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  41.34 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3127  putative FecR  39.88 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.892412  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2904  putative FecR  41.85 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1077  putative FecR  38.58 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.428658  normal  0.484443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2213  putative FecR  39.25 
 
 		 325 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.442759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0481  putative FecR  38.1 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.133336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3197  putative FecR  39.62 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0381932  hitchhiker  0.0038104 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  38.29 
 
 		 328 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2218  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  36.57 
 
 		 326 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2218  putative FecR  33.23 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0319287  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2103  anti-FecI sigma factor, FecR  33.74 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.678011 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  28.94 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  31.44 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6087  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.223277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.9 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  30.49 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  28.9 
 
 		 321 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  32.45 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  28.39 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 		 326 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  30.49 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  30.54 
 
 		 326 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  29.38 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  28.29 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  27.44 
 
 		 334 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  28.28 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  28.24 
 
 		 377 aa  100  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  25.6 
 
 		 350 aa  99.8  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  30.27 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  27.51 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  25.48 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.22 
 
 		 374 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  28.66 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 374 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  32.67 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  22.15 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  26.18 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  27.86 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  26.3 
 
 		 334 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  31.62 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  28.44 
 
 		 324 aa  93.2  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  27.53 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  25.48 
 
 		 330 aa  92.8  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 		 374 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  27.86 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  34.72 
 
 		 320 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  27.13 
 
 		 351 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  24.68 
 
 		 314 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  29.15 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  25.8 
 
 		 311 aa  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  26.04 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  27.81 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  27.97 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  22.5 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.87 
 
 		 368 aa  90.1  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  25.96 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  26.43 
 
 		 301 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  29.94 
 
 		 315 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  30.03 
 
 		 320 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  27.42 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  27.42 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  27.44 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  23.74 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  26.88 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  27.07 
 
 		 321 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  30.28 
 
 		 357 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  24.38 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  28.8 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  29.32 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  26.58 
 
 		 321 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  26.77 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  28.35 
 
 		 353 aa  86.3  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  28.04 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  26.03 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  27.55 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  31.93 
 
 		 345 aa  84.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  25.32 
 
 		 327 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  25.32 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  26.06 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  27.76 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  30.54 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  25.45 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  27.54 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  25.08 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  25 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  25.07 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  28.47 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1150  anti-FecI sigma factor, FecR  25.88 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  26.67 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  28.73 
 
 		 320 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  30.43 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  33.13 
 
 		 268 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  27.09 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  27.35 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  26.05 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  27.34 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  27.46 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>