More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2389 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  100 
 
 		 342 aa  696    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  44.32 
 
 		 345 aa  269  5.9999999999999995e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  41.49 
 
 		 351 aa  258  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  41.86 
 
 		 354 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  38.48 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  38.9 
 
 		 359 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  36.68 
 
 		 368 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  29.83 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  27.65 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3504  anti-FecI sigma factor, FecR  28.61 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  28.66 
 
 		 336 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  29.94 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  27.58 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  27.43 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  28.48 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  24.62 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  27.53 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  26.71 
 
 		 328 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  26.4 
 
 		 333 aa  105  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4078  anti-FecI sigma factor, FecR  26.55 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.53105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  27.59 
 
 		 336 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  31.37 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  28.67 
 
 		 318 aa  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  28.89 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  30.73 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0142  anti-FecI sigma factor, FecR  26.1 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26324  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  28.11 
 
 		 317 aa  100  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  26.07 
 
 		 311 aa  99.4  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  27.83 
 
 		 324 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  26.42 
 
 		 329 aa  96.3  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  23.01 
 
 		 320 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  24.55 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  27.65 
 
 		 320 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  25.89 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  24.3 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  27.1 
 
 		 320 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  24.6 
 
 		 396 aa  93.6  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  30.43 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  25.62 
 
 		 309 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  28.17 
 
 		 319 aa  92.8  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  28.12 
 
 		 340 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  27.84 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  24.6 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  25.38 
 
 		 327 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  32.42 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  27.06 
 
 		 337 aa  90.5  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  25.73 
 
 		 334 aa  89.4  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  28.35 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  24.78 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.8 
 
 		 264 aa  87.8  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  24.91 
 
 		 330 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  26.46 
 
 		 320 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  25 
 
 		 333 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  27.18 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  30.85 
 
 		 274 aa  86.7  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  25.15 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  27.05 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  23.08 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  26.92 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.46 
 
 		 374 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  27.46 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2904  putative FecR  26.49 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.161194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  27.18 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  25.5 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  26.75 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.1 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  28.21 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  24.41 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  27.22 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  27.56 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  28.77 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  26.88 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  27.49 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  27.3 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  30.14 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  26.83 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  27.88 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  28.38 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  26.23 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  28.39 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  26.69 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  28.95 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  26.54 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  26.83 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  24.15 
 
 		 383 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  26.27 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  27.61 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  27.1 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  26.94 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  25.36 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  26.22 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  25.74 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  27.65 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  25.84 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  27.62 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  27.62 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  27.62 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  28.57 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  25.15 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  27.62 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>