More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0700 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
309 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  40.47 
 
 
311 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4834  transmembrane sensor  34.5 
 
 
322 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.895358  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  32.43 
 
 
351 aa  155  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  34.46 
 
 
338 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55540  transmembrane sensor  34.52 
 
 
319 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  34.82 
 
 
320 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  33.56 
 
 
318 aa  151  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  34.43 
 
 
320 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  34.6 
 
 
320 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  33.9 
 
 
351 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  34.55 
 
 
301 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  34.74 
 
 
324 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  34.22 
 
 
321 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  41.95 
 
 
335 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  38.14 
 
 
326 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  33.22 
 
 
320 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  36.27 
 
 
329 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6087  anti-FecI sigma factor, FecR  37.74 
 
 
332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.223277  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  35.78 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  33.55 
 
 
321 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  37.59 
 
 
321 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  29.66 
 
 
336 aa  139  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  34.65 
 
 
324 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  32.94 
 
 
357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  29.14 
 
 
350 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  32.72 
 
 
329 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  32.71 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  37.33 
 
 
320 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  34.75 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2144  anti-FecI sigma factor, FecR  40.28 
 
 
283 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.634056  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  32.37 
 
 
337 aa  134  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 
324 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  38.11 
 
 
328 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  32.03 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  32.35 
 
 
327 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  32.67 
 
 
330 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  34.74 
 
 
327 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  35.99 
 
 
327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  37.25 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  33.77 
 
 
321 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  35.26 
 
 
315 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  37.69 
 
 
331 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  38.12 
 
 
331 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  38.83 
 
 
326 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  38.6 
 
 
374 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.6 
 
 
374 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  38.83 
 
 
326 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  33.33 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  35.35 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3127  putative FecR  32.03 
 
 
326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.892412  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  35.27 
 
 
317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  32.74 
 
 
353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  30 
 
 
327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  36.36 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  32.03 
 
 
314 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  34.51 
 
 
324 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  37.76 
 
 
321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  36.71 
 
 
274 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  34.52 
 
 
316 aa  126  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  42.86 
 
 
329 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  34.04 
 
 
317 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  37.5 
 
 
268 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  31.76 
 
 
334 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  35.62 
 
 
316 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  34.25 
 
 
328 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  37 
 
 
280 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  33.95 
 
 
317 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2978  putative FecR  33.02 
 
 
328 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.651501  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  32.08 
 
 
319 aa  123  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  26.69 
 
 
383 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  29.84 
 
 
320 aa  122  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  33.99 
 
 
320 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  37.44 
 
 
374 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  33.22 
 
 
315 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  28.09 
 
 
315 aa  122  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  33.12 
 
 
327 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  36.7 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  34.29 
 
 
340 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  30.23 
 
 
319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  34.65 
 
 
313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  31.67 
 
 
317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.8 
 
 
327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  30.26 
 
 
317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  28.61 
 
 
359 aa  119  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0734  anti-FecI sigma factor, FecR  32.57 
 
 
310 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.721156 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  33.65 
 
 
340 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  33.66 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  30.26 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  40.33 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2206  putative FecR  30.56 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.964925  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0733  anti-FecI sigma factor, FecR  31.96 
 
 
328 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  34.84 
 
 
317 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  32.5 
 
 
334 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  34.39 
 
 
331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  31.48 
 
 
328 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  26.02 
 
 
342 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  32.79 
 
 
311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  36.95 
 
 
318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  32.91 
 
 
318 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>