More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03905 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  100 
 
 		 368 aa  747    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  36.36 
 
 		 351 aa  213  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  39.83 
 
 		 354 aa  205  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  37.71 
 
 		 345 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  36.68 
 
 		 342 aa  199  7.999999999999999e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  36.62 
 
 		 359 aa  186  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  34.44 
 
 		 373 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  32.19 
 
 		 350 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  31.65 
 
 		 320 aa  146  7.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  29.46 
 
 		 327 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  27.49 
 
 		 333 aa  123  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  29.59 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  29.36 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  28.27 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  30.1 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  26.01 
 
 		 325 aa  116  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3504  anti-FecI sigma factor, FecR  28.19 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  28.7 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  27.46 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  26.88 
 
 		 396 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  28.48 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  27.27 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  28.65 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  29.62 
 
 		 327 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  31.25 
 
 		 357 aa  109  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  31.8 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  25.76 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  27.25 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  26.86 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  28.45 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  29.14 
 
 		 318 aa  107  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  27.38 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  26.25 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  27.73 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  30.25 
 
 		 344 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  26.11 
 
 		 329 aa  102  8e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  30.26 
 
 		 274 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  25.38 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  28.66 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1225  FecR protein  26.74 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.615104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  28.4 
 
 		 321 aa  100  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  30.19 
 
 		 319 aa  99.4  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1833  FecR protein  25.14 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  25.66 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 		 320 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  27.71 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  26.72 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  28.92 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  27.96 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  27.95 
 
 		 331 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  25.87 
 
 		 320 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  25.62 
 
 		 328 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  27.51 
 
 		 317 aa  96.7  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4078  anti-FecI sigma factor, FecR  25.66 
 
 		 316 aa  96.7  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.53105  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  25.85 
 
 		 335 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  25.21 
 
 		 336 aa  96.3  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4484  anti-FecI sigma factor, FecR  26.58 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.656085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  28.03 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  30.05 
 
 		 317 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  27.46 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  26.89 
 
 		 333 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  27.96 
 
 		 320 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  29.11 
 
 		 320 aa  93.2  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  25.56 
 
 		 375 aa  92.8  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 320 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  26.89 
 
 		 268 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  25.93 
 
 		 335 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  27.82 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0142  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26324  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  28.11 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  28.36 
 
 		 329 aa  91.3  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  26.87 
 
 		 317 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  25.37 
 
 		 342 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  24.79 
 
 		 350 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  25.14 
 
 		 315 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  25.11 
 
 		 280 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  23.99 
 
 		 335 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  30.77 
 
 		 321 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  24.72 
 
 		 327 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  27.33 
 
 		 326 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  25.29 
 
 		 329 aa  90.1  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  27.41 
 
 		 311 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  24.78 
 
 		 377 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  28.18 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  26.13 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  27.46 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  27.36 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  29.06 
 
 		 334 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  26.04 
 
 		 326 aa  88.6  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  26.77 
 
 		 313 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  27.17 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  25.45 
 
 		 323 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  26.39 
 
 		 307 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  28.57 
 
 		 334 aa  86.7  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  27.27 
 
 		 328 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>