More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3555 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 335 aa  694    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  97.01 
 
 		 335 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  95.52 
 
 		 335 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  85.71 
 
 		 336 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  59.47 
 
 		 333 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  56.5 
 
 		 342 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  54.6 
 
 		 342 aa  352  7e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  54.43 
 
 		 331 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  54.21 
 
 		 331 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  51.62 
 
 		 277 aa  249  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  34.38 
 
 		 327 aa  155  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  33.23 
 
 		 328 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  31.86 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  33.73 
 
 		 357 aa  142  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  31.87 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  35.53 
 
 		 333 aa  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  31.06 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  37.33 
 
 		 274 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  29.85 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  31.45 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  32.69 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  34.84 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  32.9 
 
 		 328 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  29.41 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  31.5 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  29.08 
 
 		 330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  32.12 
 
 		 326 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.66 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  33.78 
 
 		 280 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  29.84 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  28.61 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  30.87 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  32.24 
 
 		 329 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  28.75 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  29.58 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  32.27 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  31.27 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  31.34 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  30.14 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  33.11 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  29.97 
 
 		 338 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  30.31 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  28.48 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  27.53 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  33.33 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2144  anti-FecI sigma factor, FecR  34.58 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.634056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  30.77 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  31.34 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  29.2 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  26.73 
 
 		 336 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  28.76 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.29 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  28.12 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  25.85 
 
 		 368 aa  106  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0228  putative transmembrane sensor  31.95 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2952  anti-FecI sigma factor, FecR  32.24 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633834 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1133  anti-FecI sigma factor, FecR  31.19 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2187  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.779531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  29.25 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  29.81 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  25.96 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  26.56 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  26.21 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  29.26 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0142  anti-FecI sigma factor, FecR  28.36 
 
 		 359 aa  102  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26324  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1352  putative FecR  21.74 
 
 		 348 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  27.72 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  25.81 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  27.94 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  24.76 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  25.81 
 
 		 329 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  29.52 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  27.54 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  27.66 
 
 		 377 aa  99  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  30.24 
 
 		 328 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  30.24 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  27.69 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  29.63 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  26.32 
 
 		 383 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  28.37 
 
 		 318 aa  98.6  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 		 319 aa  97.8  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  27.14 
 
 		 320 aa  97.1  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2427  anti-FecI sigma factor, FecR  28.38 
 
 		 324 aa  96.7  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  28.9 
 
 		 328 aa  95.9  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  27.05 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  30.03 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  30.38 
 
 		 375 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  27.19 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  25.38 
 
 		 333 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  27.07 
 
 		 329 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  26.07 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  25.96 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3315  anti-FecI sigma factor, FecR  29.67 
 
 		 312 aa  93.2  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  24.93 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1833  FecR protein  25 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  27.02 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4737  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>