More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2450 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
365 aa  761    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3959  anti-FecI sigma factor, FecR  45.45 
 
 
376 aa  329  5.0000000000000004e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.45426  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  47.01 
 
 
368 aa  305  1.0000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2117  anti-FecI sigma factor, FecR  36.59 
 
 
368 aa  263  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4707  anti-FecI sigma factor, FecR  35.92 
 
 
374 aa  252  7e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  37.94 
 
 
365 aa  246  4e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1102  anti-FecI sigma factor, FecR  37.23 
 
 
360 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.105889  normal  0.0930132 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  35.29 
 
 
366 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2895  anti-FecI sigma factor, FecR  36.21 
 
 
357 aa  232  6e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459828  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6566  anti-FecI sigma factor, FecR  38.25 
 
 
362 aa  223  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.636553  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2228  anti-FecI sigma factor, FecR  37.06 
 
 
365 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28991  normal  0.282396 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0867  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  35.18 
 
 
360 aa  206  6e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1566  anti-FecI sigma factor, FecR  34.25 
 
 
354 aa  200  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  37.12 
 
 
342 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2220  anti-FecI sigma factor, FecR  32.76 
 
 
372 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.123621 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4694  anti-FecI sigma factor, FecR  33.51 
 
 
379 aa  186  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.446501  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1426  anti-FecI sigma factor, FecR  32.71 
 
 
361 aa  186  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.584964 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3705  anti-FecI sigma factor, FecR  35.61 
 
 
350 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2303  anti-FecI sigma factor, FecR  30.81 
 
 
360 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.968036  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2763  anti-FecI sigma factor, FecR  30.02 
 
 
381 aa  178  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.510605 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2206  anti-FecI sigma factor, FecR  39.5 
 
 
348 aa  176  6e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5418  anti-FecI sigma factor, FecR  32.45 
 
 
368 aa  176  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1703  anti-FecI sigma factor, FecR  32.15 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1414  anti-FecI sigma factor, FecR  28.87 
 
 
365 aa  169  9e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0503225  normal  0.125671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  34.89 
 
 
345 aa  166  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  35.79 
 
 
348 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0678  anti-FecI sigma factor, FecR  29.51 
 
 
345 aa  166  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.274942  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  32.83 
 
 
345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0357  anti-FecI sigma factor, FecR  32.72 
 
 
381 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2266  anti-FecI sigma factor, FecR  31.88 
 
 
351 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  27.58 
 
 
345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  28.73 
 
 
351 aa  109  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  28.21 
 
 
337 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  35.71 
 
 
344 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  28.32 
 
 
335 aa  105  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  26.19 
 
 
333 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
329 aa  103  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  28.24 
 
 
329 aa  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  27.61 
 
 
355 aa  102  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  30.63 
 
 
328 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3122  anti-FecI sigma factor, FecR  29.49 
 
 
316 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0237449  normal  0.801665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  30.32 
 
 
334 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  31.28 
 
 
324 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  32.16 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  28.37 
 
 
407 aa  96.7  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  26.27 
 
 
324 aa  96.7  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0059  anti-FecI sigma factor, FecR  29.91 
 
 
380 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  30.13 
 
 
341 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  28.64 
 
 
411 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1073  FecR protein  28.84 
 
 
384 aa  94  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.356494 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  32.54 
 
 
330 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  30.37 
 
 
386 aa  94  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 
278 aa  93.6  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  26.6 
 
 
329 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2819  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 
349 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457961  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  27.6 
 
 
345 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  26.02 
 
 
333 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  35 
 
 
282 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  29.18 
 
 
329 aa  91.3  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  28.96 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  26.03 
 
 
340 aa  87.4  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  27.57 
 
 
328 aa  87.4  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  28.04 
 
 
326 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  26.5 
 
 
392 aa  86.3  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  31.51 
 
 
398 aa  86.3  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  30.09 
 
 
321 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1242  FecR protein  30.73 
 
 
371 aa  85.9  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6661  anti-FecI sigma factor, FecR  31.18 
 
 
339 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2190  anti-FecI sigma factor, FecR  30.04 
 
 
335 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0300153  hitchhiker  0.000017551 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  30.26 
 
 
337 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4498  anti-FecI sigma factor, FecR  30.66 
 
 
394 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.388075  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 
376 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1799  FecR protein  29.29 
 
 
385 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110376 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  27.92 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  27.98 
 
 
328 aa  84  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  45.83 
 
 
332 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4659  anti-FecI sigma factor, FecR  38.21 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000347403  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  30.19 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  25.64 
 
 
313 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0304  FecR protein  29.47 
 
 
386 aa  80.9  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00060234 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  32.66 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  29.67 
 
 
394 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4170  anti-FecI sigma factor, FecR  28.69 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.193975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  22.77 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  28.46 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1990  FecR protein  33.73 
 
 
273 aa  80.1  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.328209  hitchhiker  0.0000107473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  25.47 
 
 
394 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2668  FecR protein  33.52 
 
 
361 aa  79.7  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.153362  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  25.4 
 
 
339 aa  79.7  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  31.76 
 
 
397 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  31.22 
 
 
332 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  25.57 
 
 
389 aa  79.3  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  28.33 
 
 
385 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  30.81 
 
 
385 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  28.63 
 
 
351 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 
365 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2882  anti-FecI sigma factor, FecR  27.98 
 
 
378 aa  77.4  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>