More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4716 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 339 aa  697    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  40.55 
 
 		 333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  37.65 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  36.55 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  38.62 
 
 		 339 aa  225  7e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  35.54 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  29.71 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  30.08 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  27.93 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  29.86 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  30.24 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  29.18 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  27.35 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  28.83 
 
 		 351 aa  97.1  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  27.62 
 
 		 347 aa  95.9  9e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  27.73 
 
 		 308 aa  95.9  9e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  27.78 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  28.86 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  23.53 
 
 		 324 aa  93.6  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  34.17 
 
 		 386 aa  93.2  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  28.24 
 
 		 345 aa  92.8  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  28.1 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  27 
 
 		 344 aa  89.7  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  32.61 
 
 		 383 aa  86.7  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  28.76 
 
 		 328 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  29.17 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  28.07 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  27.73 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.86 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.99 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  29.13 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  26.71 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  33.51 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  25.71 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  27.95 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  28.57 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  30.69 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.97 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  24.92 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3946  anti-FecI sigma factor, FecR  33.96 
 
 		 351 aa  79.3  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  30.32 
 
 		 342 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  23.43 
 
 		 351 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.97 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  25.99 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  26.8 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  34.29 
 
 		 411 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  30.3 
 
 		 397 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  23.76 
 
 		 341 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4751  anti-FecI sigma factor, FecR  26.89 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  28.85 
 
 		 330 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  25.07 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2144  anti-FecI sigma factor, FecR  29.61 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.634056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  29.15 
 
 		 342 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  31.37 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  29.03 
 
 		 357 aa  76.3  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  29.3 
 
 		 268 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4547  anti-FecI sigma factor, FecR  30.86 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  normal  0.0835387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  30.73 
 
 		 280 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2450  anti-FecI sigma factor, FecR  23.91 
 
 		 365 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  30.73 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  26.42 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  28.43 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3504  anti-FecI sigma factor, FecR  26.12 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  27.56 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  23.24 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1363  FecR protein  30.54 
 
 		 373 aa  73.9  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.864118 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  28.64 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5799  anti-FecI sigma factor, FecR  27.98 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.168322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  28.64 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  23.35 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0059  anti-FecI sigma factor, FecR  29.21 
 
 		 380 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  30.14 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  29.36 
 
 		 394 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3858  anti-FecI sigma factor, FecR  26.32 
 
 		 282 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  29.71 
 
 		 379 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  31.71 
 
 		 398 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  28.77 
 
 		 374 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  25.41 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  29.53 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1833  FecR protein  26.32 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3997  FecR protein  31.82 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  29.28 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  27.63 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2711  FecR protein  31.36 
 
 		 383 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1860  anti-FecI sigma factor, FecR  31.47 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.3163  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  25.55 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3383  FecR protein  31.86 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25400  Anti-sigma factor, FecR family  32 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  25.56 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  28.8 
 
 		 382 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7228  anti-FecI sigma factor, FecR  26.79 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  25.76 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  26.89 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1405  anti-FecI sigma factor, FecR  31.76 
 
 		 407 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  26.1 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  25 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  24.9 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  26.38 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>