273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6449 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 328 aa  684    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  35.54 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  35.28 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  32.07 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  29.47 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  31.34 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  37.95 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  37.66 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  35.27 
 
 		 351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  29.39 
 
 		 333 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  29.94 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  34.65 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  29.13 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  29.91 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  30.24 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 		 313 aa  109  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  27.39 
 
 		 337 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  29.78 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4825  anti-FecI sigma factor, FecR  34.03 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.04929  hitchhiker  0.00000000730448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  28.02 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  27.19 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  27.52 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  24.69 
 
 		 329 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  31.19 
 
 		 383 aa  96.3  7e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1624  anti-FecI sigma factor, FecR  27.93 
 
 		 329 aa  95.1  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724045  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  27.7 
 
 		 333 aa  93.2  6e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5279  anti-FecI sigma factor, FecR  29.22 
 
 		 332 aa  92.8  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  27.36 
 
 		 323 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5659  anti-FecI sigma factor, FecR  25.61 
 
 		 329 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 		 376 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6792  anti-FecI sigma factor, FecR  29.41 
 
 		 335 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 		 365 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3158  anti-FecI sigma factor, FecR  33.51 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000049717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  29.91 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.554494  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1889  anti-FecI sigma factor, FecR  26.71 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  26.51 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0658  anti-FecI sigma factor, FecR  30.77 
 
 		 379 aa  82  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1496  anti-FecI sigma factor, FecR  27.43 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.530668  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  32.16 
 
 		 382 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  28.29 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  24.86 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1745  anti-FecI sigma factor, FecR  26.86 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  25.08 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  29.76 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3220  anti-FecI sigma factor, FecR  32.75 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5563  anti-FecI sigma factor, FecR  32.52 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0103518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  31.03 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0442  anti-FecI sigma factor, FecR  36.05 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0522826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  32.34 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  29.06 
 
 		 398 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  29.44 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7044  anti-FecI sigma factor, FecR  23.85 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3160  anti-FecI sigma factor, FecR  30.16 
 
 		 374 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00013248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0003  anti-FecI sigma factor, FecR  24.83 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1588  anti-FecI sigma factor, FecR  29.86 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.313513 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1658  anti-FecI sigma factor, FecR  24.44 
 
 		 345 aa  73.2  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.565208 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1931  FecR protein  25 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.167252  normal  0.0413006 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 		 381 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7235  anti-FecI sigma factor, FecR  26.45 
 
 		 278 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0254  FecR protein  24.21 
 
 		 331 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.421619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2444  anti-FecI sigma factor, FecR  24.67 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2830  anti-FecI sigma factor, FecR  25.74 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4781  anti-FecI sigma factor, FecR  25.51 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  27.03 
 
 		 335 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  28.77 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3198  anti-FecI sigma factor, FecR  29.44 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.694273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  28.18 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0049  anti-FecI sigma factor, FecR  29.14 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.895383  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  26.32 
 
 		 384 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3097  FecR protein  25.48 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.77039  normal  0.330772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0045  anti-FecI sigma factor, FecR  28.25 
 
 		 376 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7228  anti-FecI sigma factor, FecR  25.85 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5522  anti-FecI sigma factor, FecR  29.82 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00063223  normal  0.246639 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2401  anti-FecI sigma factor, FecR  23.46 
 
 		 341 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3692  FecR protein  24.83 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.172951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1381  anti-FecI sigma factor, FecR  28.64 
 
 		 408 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0722919  normal  0.75398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5148  anti-FecI sigma factor, FecR  26.99 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.114166  normal  0.012377 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  23.66 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3790  FecR protein  29.72 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1792  anti-FecI sigma factor, FecR  25.23 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1461  anti-FecI sigma factor, FecR  25.68 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.162073  normal  0.186969 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  26.37 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4372  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000128934  normal  0.0200354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2819  anti-FecI sigma factor, FecR  23.33 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1422  anti-FecI sigma factor, FecR  23.85 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363924  normal  0.0205003 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  28.12 
 
 		 383 aa  63.2  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4498  anti-FecI sigma factor, FecR  24.45 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.388075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1280  FecR protein  30.41 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5341  anti-FecI sigma factor, FecR  27.92 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.150121  normal  0.0523863 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1767  anti-FecI sigma factor, FecR  26.38 
 
 		 398 aa  62.8  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  27.16 
 
 		 328 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  25.87 
 
 		 327 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4608  anti-FecI sigma factor, FecR  29.77 
 
 		 383 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  26.92 
 
 		 378 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  26.72 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4737  anti-FecI sigma factor, FecR  25.48 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>