More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4853 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  82.02 
 
 
512 aa  801    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  97.86 
 
 
510 aa  977    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  83.23 
 
 
506 aa  798    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  74.5 
 
 
492 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  74.45 
 
 
486 aa  712    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  81.86 
 
 
486 aa  779    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  83.37 
 
 
506 aa  798    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  92.97 
 
 
492 aa  877    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  91.37 
 
 
498 aa  889    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  83.23 
 
 
512 aa  799    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  93.17 
 
 
495 aa  868    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  83.23 
 
 
512 aa  799    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  80.32 
 
 
495 aa  770    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  83.23 
 
 
512 aa  799    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.1 
 
 
491 aa  748    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.73 
 
 
514 aa  646    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  93.98 
 
 
495 aa  905    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
513 aa  1025    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  93.98 
 
 
495 aa  905    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  67.01 
 
 
503 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  56.73 
 
 
475 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  59.26 
 
 
460 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.82 
 
 
460 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  57.41 
 
 
481 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  58.02 
 
 
481 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.82 
 
 
462 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  58.44 
 
 
456 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  55.35 
 
 
466 aa  499  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.37 
 
 
486 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.75 
 
 
492 aa  478  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  51.57 
 
 
468 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.3 
 
 
514 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.19 
 
 
510 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.4 
 
 
504 aa  431  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.59 
 
 
470 aa  422  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  44.38 
 
 
468 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  38.44 
 
 
662 aa  313  4.999999999999999e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.25 
 
 
585 aa  310  4e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.17 
 
 
703 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.39 
 
 
482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.94 
 
 
470 aa  302  7.000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.04 
 
 
591 aa  301  2e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.77 
 
 
468 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.95 
 
 
474 aa  297  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.45 
 
 
609 aa  289  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.74 
 
 
599 aa  287  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.22 
 
 
569 aa  286  7e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.83 
 
 
579 aa  285  9e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.84 
 
 
559 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.94 
 
 
471 aa  276  7e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.63 
 
 
591 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  35.61 
 
 
639 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.69 
 
 
600 aa  273  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  35.43 
 
 
586 aa  272  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
592 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.44 
 
 
562 aa  270  5e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1100  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.47 
 
 
586 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3890  helix-turn-helix, Fis-type  36.16 
 
 
577 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.506447  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.42 
 
 
597 aa  267  4e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  33.4 
 
 
465 aa  264  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  41.94 
 
 
507 aa  263  4e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
472 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.09 
 
 
458 aa  262  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.05 
 
 
661 aa  262  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.55 
 
 
581 aa  262  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.47 
 
 
576 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.39 
 
 
515 aa  261  2e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.38 
 
 
479 aa  259  6e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.09 
 
 
501 aa  258  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.58 
 
 
643 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  40.21 
 
 
652 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.49 
 
 
466 aa  256  5e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.11 
 
 
455 aa  256  9e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.34 
 
 
459 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  35.45 
 
 
935 aa  256  1.0000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  37.95 
 
 
553 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 
469 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  36.78 
 
 
668 aa  254  3e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.78 
 
 
668 aa  254  3e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  37.67 
 
 
553 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2845  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 
454 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.95 
 
 
553 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.36 
 
 
453 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.92 
 
 
463 aa  253  5.000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.91 
 
 
454 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  34.05 
 
 
554 aa  253  5.000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.76 
 
 
553 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.46 
 
 
457 aa  253  6e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.76 
 
 
553 aa  253  6e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2050  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.68 
 
 
511 aa  253  6e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.155124  hitchhiker  0.000156568 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.67 
 
 
553 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.67 
 
 
553 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.67 
 
 
553 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.67 
 
 
692 aa  252  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.86 
 
 
687 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.86 
 
 
692 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.71 
 
 
459 aa  252  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.51 
 
 
489 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.86 
 
 
692 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.51 
 
 
452 aa  252  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>