More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2979 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
512 aa  725    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  92.53 
 
 
492 aa  911    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
506 aa  725    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  74.65 
 
 
498 aa  734    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.83 
 
 
486 aa  709    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.83 
 
 
492 aa  721    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
512 aa  725    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  75.3 
 
 
510 aa  727    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  73.83 
 
 
495 aa  712    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  86.64 
 
 
486 aa  828    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
491 aa  987    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.34 
 
 
514 aa  671    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
512 aa  725    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.69 
 
 
495 aa  749    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  75.91 
 
 
512 aa  728    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  76.64 
 
 
506 aa  727    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.1 
 
 
513 aa  730    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  76.88 
 
 
495 aa  721    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.69 
 
 
495 aa  749    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  67.09 
 
 
503 aa  634  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  57.17 
 
 
475 aa  533  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.44 
 
 
460 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.58 
 
 
460 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.74 
 
 
462 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  57.11 
 
 
481 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.99 
 
 
481 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  58.03 
 
 
456 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  56.49 
 
 
466 aa  497  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.39 
 
 
486 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.38 
 
 
492 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  51.25 
 
 
468 aa  461  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.61 
 
 
514 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.2 
 
 
504 aa  438  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.91 
 
 
510 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.33 
 
 
470 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  43.55 
 
 
468 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  40.31 
 
 
662 aa  333  4e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.13 
 
 
591 aa  323  5e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.92 
 
 
482 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.21 
 
 
585 aa  320  5e-86  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.08 
 
 
703 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.28 
 
 
470 aa  310  4e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.79 
 
 
468 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.01 
 
 
474 aa  299  1e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.5 
 
 
579 aa  296  7e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  37.34 
 
 
586 aa  291  1e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.74 
 
 
471 aa  281  1e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.4 
 
 
599 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.91 
 
 
600 aa  279  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.22 
 
 
569 aa  277  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  34.36 
 
 
582 aa  276  5e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.56 
 
 
597 aa  276  7e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.42 
 
 
562 aa  276  8e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.85 
 
 
594 aa  269  8e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.2 
 
 
609 aa  269  8.999999999999999e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.89 
 
 
459 aa  268  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  34.44 
 
 
465 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  36.29 
 
 
639 aa  265  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.88 
 
 
581 aa  264  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  44.54 
 
 
455 aa  264  3e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3890  helix-turn-helix, Fis-type  35.85 
 
 
577 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.506447  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.53 
 
 
592 aa  263  6e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.6 
 
 
454 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.76 
 
 
591 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.31 
 
 
559 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.13 
 
 
576 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.8 
 
 
448 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.82 
 
 
458 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.87 
 
 
564 aa  258  2e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  35.43 
 
 
554 aa  258  2e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  42.05 
 
 
507 aa  257  3e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  36.34 
 
 
935 aa  257  3e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  37.06 
 
 
668 aa  257  4e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.06 
 
 
668 aa  257  4e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.81 
 
 
474 aa  256  5e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.9 
 
 
501 aa  256  6e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.39 
 
 
661 aa  256  7e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.25 
 
 
463 aa  256  9e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1100  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.85 
 
 
586 aa  255  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.88 
 
 
458 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.88 
 
 
458 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.88 
 
 
458 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.28 
 
 
442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.81 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1934  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.18 
 
 
476 aa  254  3e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808753  normal  0.132653 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  36.25 
 
 
542 aa  254  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
472 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  40.95 
 
 
465 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  43.3 
 
 
508 aa  253  6e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.01 
 
 
643 aa  253  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  39.95 
 
 
700 aa  253  6e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0318  Fis family transcriptional regulator  36.53 
 
 
491 aa  253  7e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.59 
 
 
544 aa  252  1e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.34 
 
 
470 aa  252  1e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.14 
 
 
515 aa  252  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_002950  PG0747  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.5 
 
 
464 aa  251  2e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.58 
 
 
628 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.97 
 
 
466 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  47.35 
 
 
525 aa  251  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
483 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>