More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4279 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
512 aa  724    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
486 aa  984    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
512 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  74.75 
 
 
495 aa  715    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
506 aa  723    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  77.1 
 
 
506 aa  726    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  76.08 
 
 
486 aa  712    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  75.3 
 
 
510 aa  722    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  75.96 
 
 
512 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.81 
 
 
492 aa  716    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  85.37 
 
 
492 aa  835    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  75.76 
 
 
512 aa  724    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  73.99 
 
 
498 aa  733    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  73.94 
 
 
495 aa  707    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  86.64 
 
 
491 aa  847    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  69.35 
 
 
514 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.71 
 
 
495 aa  729    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.71 
 
 
495 aa  729    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  74.45 
 
 
513 aa  715    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  65.7 
 
 
503 aa  620  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.73 
 
 
460 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  55.76 
 
 
475 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.56 
 
 
460 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.35 
 
 
462 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.31 
 
 
481 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  56.87 
 
 
481 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  57.58 
 
 
456 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  54.87 
 
 
466 aa  488  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.15 
 
 
486 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  51.26 
 
 
468 aa  457  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.81 
 
 
492 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.1 
 
 
510 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.2 
 
 
504 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.29 
 
 
514 aa  428  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.21 
 
 
470 aa  418  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  45.11 
 
 
468 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  40.44 
 
 
662 aa  337  1.9999999999999998e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.07 
 
 
703 aa  325  1e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
585 aa  323  5e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.34 
 
 
470 aa  316  6e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.68 
 
 
474 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.66 
 
 
482 aa  311  2e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.75 
 
 
591 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.61 
 
 
468 aa  310  5e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.82 
 
 
597 aa  292  8e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
579 aa  290  4e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.82 
 
 
599 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.48 
 
 
609 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  36.95 
 
 
586 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.58 
 
 
471 aa  283  7.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  35.22 
 
 
668 aa  281  3e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  34.52 
 
 
582 aa  281  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 
569 aa  280  5e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.13 
 
 
562 aa  278  1e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.9 
 
 
600 aa  277  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.8 
 
 
668 aa  278  2e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  37.08 
 
 
639 aa  276  6e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 
591 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.25 
 
 
592 aa  270  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.97 
 
 
581 aa  269  8.999999999999999e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  34.51 
 
 
465 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
466 aa  264  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.42 
 
 
559 aa  264  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  46.69 
 
 
667 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
459 aa  262  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  43.81 
 
 
507 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.92 
 
 
594 aa  260  3e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.04 
 
 
564 aa  260  3e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0437  hypothetical protein  36.21 
 
 
453 aa  260  4e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.701644  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  35.89 
 
 
935 aa  260  5.0000000000000005e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.32 
 
 
457 aa  259  6e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.18 
 
 
458 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.08 
 
 
661 aa  259  7e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.06 
 
 
461 aa  259  9e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  42.06 
 
 
461 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
461 aa  258  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.06 
 
 
576 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  44.13 
 
 
455 aa  258  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  42.06 
 
 
461 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.06 
 
 
461 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
463 aa  257  3e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.45 
 
 
489 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.03 
 
 
457 aa  257  3e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2050  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.58 
 
 
511 aa  257  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.155124  hitchhiker  0.000156568 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  39.32 
 
 
553 aa  256  5e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.29 
 
 
544 aa  256  5e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  34.2 
 
 
554 aa  256  5e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.32 
 
 
643 aa  256  6e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.83 
 
 
553 aa  256  7e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.76 
 
 
461 aa  256  8e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.57 
 
 
452 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.51 
 
 
628 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.32 
 
 
553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  39.32 
 
 
553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.32 
 
 
553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.32 
 
 
553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  37.32 
 
 
664 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.6 
 
 
553 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  41.93 
 
 
508 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4639  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.09 
 
 
574 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>