More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3075 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  90 
 
 
460 aa  806    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
481 aa  962    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  75.16 
 
 
475 aa  698    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  74.33 
 
 
456 aa  637    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  94.37 
 
 
462 aa  842    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.48 
 
 
460 aa  902    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  73.99 
 
 
481 aa  660    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  69.18 
 
 
466 aa  612  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  57.98 
 
 
498 aa  532  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.41 
 
 
492 aa  529  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  58.23 
 
 
506 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  57.52 
 
 
512 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.99 
 
 
491 aa  526  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  57.52 
 
 
506 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  57.52 
 
 
512 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  57.52 
 
 
512 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  57.85 
 
 
486 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  56.44 
 
 
495 aa  523  1e-147  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  57.52 
 
 
512 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.01 
 
 
495 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.01 
 
 
495 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.38 
 
 
492 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  59.09 
 
 
510 aa  511  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.59 
 
 
495 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.02 
 
 
513 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  56.31 
 
 
486 aa  504  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.91 
 
 
514 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  55.49 
 
 
503 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  53.26 
 
 
468 aa  449  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.43 
 
 
492 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.98 
 
 
486 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.55 
 
 
470 aa  420  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.18 
 
 
510 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.38 
 
 
514 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.69 
 
 
504 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  48.31 
 
 
468 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.56 
 
 
585 aa  316  5e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41 
 
 
470 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  39.73 
 
 
662 aa  311  1e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.12 
 
 
591 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.51 
 
 
468 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.37 
 
 
703 aa  302  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.45 
 
 
579 aa  300  4e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  38.77 
 
 
586 aa  296  6e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
474 aa  288  1e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.38 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
482 aa  280  3e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.4 
 
 
651 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  37.8 
 
 
600 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.58 
 
 
597 aa  278  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.92 
 
 
562 aa  278  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.28 
 
 
609 aa  276  5e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.53 
 
 
599 aa  272  9e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  37.61 
 
 
639 aa  272  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.06 
 
 
581 aa  271  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3577  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.55 
 
 
550 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.55 
 
 
687 aa  271  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  36.07 
 
 
582 aa  271  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  36.31 
 
 
554 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.12 
 
 
688 aa  270  4e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.07 
 
 
591 aa  269  8e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.69 
 
 
559 aa  269  8.999999999999999e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.67 
 
 
636 aa  268  2e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.64 
 
 
592 aa  267  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.16 
 
 
643 aa  266  4e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  266  5e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  266  5e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  266  5e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000332878 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
456 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  266  5e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.96 
 
 
690 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  35.69 
 
 
690 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0957  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.77 
 
 
690 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4277  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  34.77 
 
 
704 aa  265  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.49 
 
 
569 aa  265  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  34.74 
 
 
465 aa  264  3e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.95 
 
 
690 aa  263  4e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.57 
 
 
548 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.01 
 
 
564 aa  263  4.999999999999999e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
459 aa  262  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  37.19 
 
 
668 aa  262  1e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.19 
 
 
668 aa  262  1e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1100  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.78 
 
 
586 aa  261  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
452 aa  261  3e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  41.49 
 
 
652 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 
460 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.12 
 
 
458 aa  259  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.33 
 
 
458 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.33 
 
 
458 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.77 
 
 
452 aa  259  8e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.52 
 
 
553 aa  259  8e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0385  proprionate catabolism activator, Fis family  40.51 
 
 
658 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.52 
 
 
553 aa  259  1e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.79 
 
 
575 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.33 
 
 
458 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
464 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.04 
 
 
648 aa  259  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.84 
 
 
480 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>