More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3727 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
503 aa  1006    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  67.84 
 
 
492 aa  645    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.43 
 
 
491 aa  640    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  69.2 
 
 
514 aa  690    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  67.23 
 
 
486 aa  609  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  65.84 
 
 
498 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.36 
 
 
495 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.36 
 
 
495 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  65.2 
 
 
506 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  67.78 
 
 
510 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.01 
 
 
513 aa  598  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  64.18 
 
 
512 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  64.18 
 
 
512 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  64.27 
 
 
512 aa  596  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  64.18 
 
 
512 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  64.18 
 
 
506 aa  595  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  64.17 
 
 
495 aa  597  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  64.66 
 
 
486 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.78 
 
 
492 aa  590  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  66.67 
 
 
495 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.02 
 
 
460 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  56.78 
 
 
462 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  56.67 
 
 
460 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  54.93 
 
 
481 aa  498  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  57.02 
 
 
466 aa  493  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  53.25 
 
 
475 aa  491  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  55.53 
 
 
481 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  55.48 
 
 
456 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  51.16 
 
 
468 aa  461  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.91 
 
 
492 aa  451  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.85 
 
 
486 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.95 
 
 
470 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.39 
 
 
510 aa  427  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
514 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.28 
 
 
504 aa  424  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  44.11 
 
 
468 aa  382  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.76 
 
 
585 aa  326  6e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  40.04 
 
 
662 aa  318  2e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.54 
 
 
474 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.07 
 
 
591 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.21 
 
 
703 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.76 
 
 
470 aa  306  8.000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.77 
 
 
482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.54 
 
 
579 aa  297  3e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.6 
 
 
468 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  37.39 
 
 
586 aa  292  9e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.09 
 
 
599 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.26 
 
 
609 aa  286  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  36.95 
 
 
465 aa  281  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.76 
 
 
597 aa  281  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  37.63 
 
 
600 aa  279  8e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.38 
 
 
636 aa  278  1e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 
592 aa  277  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.34 
 
 
591 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3890  helix-turn-helix, Fis-type  37.72 
 
 
577 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.506447  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 
569 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.15 
 
 
562 aa  273  8.000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.74 
 
 
548 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.29 
 
 
471 aa  267  4e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.65 
 
 
476 aa  266  5e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  42.15 
 
 
455 aa  265  1e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.62 
 
 
457 aa  264  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.07 
 
 
459 aa  264  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.46 
 
 
515 aa  264  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.24 
 
 
533 aa  263  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0140  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.21 
 
 
660 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.91 
 
 
457 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3003  two component Fis family transcriptional regulator  41.97 
 
 
465 aa  261  1e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697126  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.79 
 
 
472 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  43.23 
 
 
507 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.36 
 
 
462 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.57 
 
 
467 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.9 
 
 
454 aa  261  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1100  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.68 
 
 
586 aa  261  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3577  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.64 
 
 
550 aa  260  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.05 
 
 
594 aa  260  5.0000000000000005e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3418  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.25 
 
 
573 aa  260  5.0000000000000005e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.69 
 
 
643 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  47.84 
 
 
453 aa  259  6e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3338  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.83 
 
 
453 aa  259  6e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.693368  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  33.68 
 
 
582 aa  259  6e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3483  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.01 
 
 
455 aa  259  7e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0480061  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2835  putative PAS/PAC sensor protein  37 
 
 
591 aa  259  7e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000281177  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.14 
 
 
465 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.9 
 
 
534 aa  259  8e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.79 
 
 
459 aa  259  9e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.87 
 
 
455 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.75 
 
 
458 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.8 
 
 
690 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
690 aa  259  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
690 aa  258  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.8 
 
 
690 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
690 aa  259  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000332878 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.6 
 
 
460 aa  259  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.92 
 
 
660 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5390  Fis family proprionate catabolism activator  39.5 
 
 
660 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420192  normal  0.577921 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  34.64 
 
 
464 aa  258  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
690 aa  258  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.68 
 
 
576 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.99 
 
 
466 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>