More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6938 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  74.95 
 
 
506 aa  722    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  74.9 
 
 
486 aa  707    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  75 
 
 
512 aa  723    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0129  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.76 
 
 
492 aa  717    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4743  putative sigma54 specific transcriptional regulator  74.7 
 
 
495 aa  717    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  75.66 
 
 
506 aa  723    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  85.37 
 
 
486 aa  814    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  73.49 
 
 
498 aa  730    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2210  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  73.48 
 
 
495 aa  707    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000404339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  74.95 
 
 
512 aa  721    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  75.7 
 
 
510 aa  725    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  92.53 
 
 
491 aa  911    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0548  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.64 
 
 
514 aa  670    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0261172 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  74.95 
 
 
512 aa  721    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.31 
 
 
495 aa  730    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  76.31 
 
 
495 aa  730    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  74.95 
 
 
512 aa  721    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000048487  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
492 aa  991    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4853  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  74.5 
 
 
513 aa  716    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  67.57 
 
 
503 aa  632  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  57.5 
 
 
475 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.2 
 
 
460 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.66 
 
 
460 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  57.83 
 
 
481 aa  522  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  57.41 
 
 
481 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.25 
 
 
462 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  58.12 
 
 
456 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  55.95 
 
 
466 aa  495  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.97 
 
 
486 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4358  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.11 
 
 
492 aa  463  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  50.83 
 
 
468 aa  460  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2414  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.9 
 
 
514 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59503  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2530  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.8 
 
 
510 aa  440  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2067  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.4 
 
 
504 aa  437  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.408282  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.26 
 
 
470 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  44.68 
 
 
468 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  39.91 
 
 
662 aa  325  1e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.73 
 
 
591 aa  317  3e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.13 
 
 
585 aa  314  1.9999999999999998e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.78 
 
 
482 aa  310  4e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1933  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.58 
 
 
474 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.79 
 
 
703 aa  306  7e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.99 
 
 
470 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.88 
 
 
468 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.79 
 
 
579 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  36.4 
 
 
586 aa  282  9e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0220  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.76 
 
 
599 aa  280  5e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.205881  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.74 
 
 
597 aa  276  5e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.72 
 
 
471 aa  276  7e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 
569 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  35.96 
 
 
600 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.85 
 
 
562 aa  274  3e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000822204  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.65 
 
 
454 aa  270  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  34.5 
 
 
582 aa  270  5e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.69 
 
 
459 aa  269  8e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.74 
 
 
609 aa  268  2e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.47 
 
 
594 aa  267  2.9999999999999995e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  34.16 
 
 
465 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.23 
 
 
592 aa  262  8e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.29 
 
 
591 aa  262  8e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  43.42 
 
 
455 aa  262  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  36.34 
 
 
639 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3890  helix-turn-helix, Fis-type  37.53 
 
 
577 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.506447  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  41.81 
 
 
507 aa  258  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.62 
 
 
483 aa  257  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
483 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.62 
 
 
483 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.59 
 
 
581 aa  256  6e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1100  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.86 
 
 
586 aa  256  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.88 
 
 
515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.68 
 
 
668 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.26 
 
 
463 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.02 
 
 
559 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  35.68 
 
 
668 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  41.37 
 
 
700 aa  254  3e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.36 
 
 
564 aa  253  6e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.05 
 
 
636 aa  253  6e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  42.78 
 
 
508 aa  252  8.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.77 
 
 
576 aa  253  8.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.32 
 
 
458 aa  252  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.17 
 
 
489 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  38.7 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.64 
 
 
692 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  45.43 
 
 
525 aa  251  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0359  sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.41 
 
 
458 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.64 
 
 
553 aa  251  3e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.64 
 
 
553 aa  251  3e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.64 
 
 
553 aa  251  3e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1966  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.23 
 
 
628 aa  250  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.64 
 
 
553 aa  251  3e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.51 
 
 
648 aa  251  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  35.25 
 
 
935 aa  251  3e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4843  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.03 
 
 
660 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.418321  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
448 aa  250  4e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2633  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.81 
 
 
467 aa  249  6e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.64 
 
 
553 aa  249  6e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  41.64 
 
 
692 aa  249  6e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3418  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.18 
 
 
573 aa  249  6e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.27 
 
 
476 aa  249  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.64 
 
 
553 aa  249  7e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>