More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8260 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  100 
 
 		 325 aa  672    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  30.25 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  34.71 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  31.61 
 
 		 321 aa  139  7e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  32.04 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  34.2 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  35.2 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  32.12 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  32.12 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  32.12 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  31.23 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  30.65 
 
 		 326 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  31.08 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  32.96 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  32.96 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  32.96 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  32.96 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  29.97 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  32.66 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  34.88 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  30.97 
 
 		 313 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  30.97 
 
 		 313 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  30.97 
 
 		 313 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  30.97 
 
 		 313 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  30.97 
 
 		 313 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  30.97 
 
 		 313 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  32.17 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  30.72 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2215  hypothetical protein  26.28 
 
 		 621 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000394108 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  29.91 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  27.68 
 
 		 325 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  27.58 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  29.84 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  28.71 
 
 		 330 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  28.57 
 
 		 449 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  30.2 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  30.2 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  30.2 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  30.2 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  25.89 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  29.87 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  33.73 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  30.81 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  27.76 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  32.64 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  32.14 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  29.33 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  29.33 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  28.37 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5043  integrase family protein  35.26 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  25.71 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  28.38 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  30.19 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  27.48 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  26.77 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  33.04 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  25 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  30.67 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  25.62 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.66 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  24.43 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  26.87 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  25.59 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  26.64 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  23.95 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  30.26 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.34 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  26.07 
 
 		 283 aa  68.9  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.11 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  30.56 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  29.26 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  24.1 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  28.26 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.51 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.17 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  25.44 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  25.65 
 
 		 301 aa  67  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  26.84 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  23.37 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  28.81 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  28.03 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.33 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  28.67 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  28.92 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  25.76 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  22.73 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  27.69 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.7 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  26.92 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4785  integrase family protein  29.65 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000301446  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>