More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0601 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  100 
 
 		 332 aa  671    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  42.26 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  39.02 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  37.34 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  34.64 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  36.72 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  36.72 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  36.72 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  34.55 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  33.86 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  37.82 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  34.9 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  35.87 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  34.21 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  36.18 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  33.89 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  34.55 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  32.04 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  34.96 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  34.96 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  34.96 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  34.96 
 
 		 330 aa  125  9e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  36.29 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  38.77 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  31.19 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  31.19 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  31.19 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  31.19 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  31.19 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  31.19 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  31.19 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  28.29 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  32.12 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  32.12 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  34.31 
 
 		 449 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  30.07 
 
 		 330 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  27.44 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  27.54 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  27.76 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  33.19 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  32.62 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  30.33 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  28.74 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  28.74 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  28.74 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  28.74 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  27.59 
 
 		 301 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.85 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  25.51 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.59 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  30.49 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.24 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  25.45 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  32.22 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.62 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  31.36 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  31.91 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  32.29 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  31.53 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  30.69 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  29.51 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  29.75 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  27.98 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.97 
 
 		 330 aa  66.6  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  27.85 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.94 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  32.51 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.94 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.94 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  29.51 
 
 		 325 aa  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.47 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.72 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  27 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  29.78 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.17 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  28.57 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  26.07 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.2 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  26.95 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  29.18 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  29.29 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>