More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1240 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  100 
 
 		 330 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  34.39 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  32.8 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  32.8 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  32.8 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  32.19 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  32.19 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  32.19 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  32.19 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  33.64 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  31.58 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  31.61 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  32.69 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  31.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  31.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  31.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  31.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  31.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  31.53 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  30.39 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  30.42 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  30.58 
 
 		 449 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  31.06 
 
 		 312 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  34.49 
 
 		 310 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  28.3 
 
 		 309 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  33.12 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  36.92 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  29.54 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  27.48 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  28.8 
 
 		 325 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  30.16 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  29.27 
 
 		 325 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  28.71 
 
 		 325 aa  92.8  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  30.94 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  31.55 
 
 		 310 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.91 
 
 		 312 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  25.08 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  30.16 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  30.16 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  24.76 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  24.76 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  29.17 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  24.76 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  29.97 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  28.71 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  25.83 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  30.45 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  23.32 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0279  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 282 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.033075  hitchhiker  0.000013626 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0653  integrase family protein  26.48 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.319783  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.77 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  28.66 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1316  integrase/recombinase  25.89 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.718184  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  23.26 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  26.33 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  30.52 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  27.63 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.77 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  23.97 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3569  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121799  normal  0.0892176 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2258  tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  22.55 
 
 		 307 aa  67  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  28.85 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 308 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 321 aa  67  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  24.22 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  29.11 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  28.46 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  24.48 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  24.57 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  29.29 
 
 		 290 aa  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  27.78 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.95 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  29.29 
 
 		 290 aa  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.62 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.16 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  31.52 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.32 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.45 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 336 aa  64.3  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  26.13 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  26.13 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  26.71 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  26.78 
 
 		 317 aa  63.5  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  26.64 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3583  phage integrase  28.26 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.11 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  24.44 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  27.06 
 
 		 328 aa  63.2  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.27 
 
 		 277 aa  63.2  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.34 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  25.23 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  24.9 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>