More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5407 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  100 
 
 		 312 aa  634    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  66.01 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  65.03 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  65.03 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  65.03 
 
 		 313 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  63.84 
 
 		 313 aa  396  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  42.3 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  41.86 
 
 		 310 aa  225  7e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  45.18 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  38.58 
 
 		 333 aa  195  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  38.91 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  37.37 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  37.58 
 
 		 326 aa  182  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  36.88 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  35.41 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  37.34 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  38.85 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  38.85 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  37.5 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.14 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  34.55 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  34.23 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  34.23 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  34.23 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  34.23 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  33.55 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  31.23 
 
 		 325 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  31.06 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  29.9 
 
 		 325 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  29.65 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  28.67 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  28.76 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  30.79 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  30.79 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  30.79 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  30.79 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  30.79 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  30.79 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  33.49 
 
 		 449 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  27.83 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  27.51 
 
 		 321 aa  93.6  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  27.51 
 
 		 321 aa  93.6  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  27.51 
 
 		 321 aa  93.6  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  25.34 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  27.12 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  26.79 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  27.03 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.25 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  25.68 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  26.64 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  28.63 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  28.75 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  28.3 
 
 		 343 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  28.95 
 
 		 343 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  31.25 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.33 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  28.91 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  28.91 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  24.32 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1163  phage integrase family protein  35.03 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562087  normal  0.524123 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  29.06 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  30.85 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  31.98 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  31.69 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  26.29 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  28.65 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  28.26 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.72 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  22.81 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  27.32 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  27.39 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  29.23 
 
 		 328 aa  61.6  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  31.98 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  27.44 
 
 		 305 aa  62.4  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  29.14 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  33.95 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 362 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.26 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  26.32 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.9 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  30.59 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  27.23 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  25.43 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.41 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  29.96 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.56 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  28.52 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>