More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0439 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  100 
 
 		 304 aa  623  1e-178  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  54.61 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  54.61 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  42.95 
 
 		 304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.26 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  38.31 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  38.49 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  38.54 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  34.97 
 
 		 318 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  37.17 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  37.17 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  37.17 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  36.99 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  33.44 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  32.15 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  34.88 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  31.48 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  32.52 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 310 aa  122  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  35.12 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  35.12 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  35.12 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  35.12 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  31.19 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  29.62 
 
 		 449 aa  102  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  28.57 
 
 		 325 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  28.25 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  30.06 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  29.9 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  29.9 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  29.9 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  29.9 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  29.9 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  29.9 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  28.71 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.6 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  27.1 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.4 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  26.17 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  28.22 
 
 		 283 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  32.22 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  25 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  31.09 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  31 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  29.03 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.81 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  24.68 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  24.68 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  28.77 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  28.3 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  24.68 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  25.86 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.24 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  27.61 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  31.79 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.84 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  31.96 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  28.26 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.58 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  27.73 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  31.6 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  30.35 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  25.87 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.58 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  26.37 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  34.26 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  30.45 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  32.41 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  27.43 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.1 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  31.51 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.85 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  24.72 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  31.15 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  25.93 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.37 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  29.96 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.84 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>