More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4005 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  100 
 
 		 303 aa  616  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  100 
 
 		 303 aa  616  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  54.61 
 
 		 304 aa  315  6e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  44.93 
 
 		 304 aa  248  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.91 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  39 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  39.54 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  39.53 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  38.85 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  38.44 
 
 		 313 aa  168  9e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  37.17 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  37.17 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  37.17 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  36.21 
 
 		 318 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  35.83 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  37.04 
 
 		 316 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  35.57 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  33.66 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  37.9 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  37.38 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  37.38 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  37.38 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  37.38 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  31.77 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  31.19 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  32.12 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  30.65 
 
 		 311 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  30.59 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  30.59 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  30.59 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  30.59 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  30.59 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  30.59 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  34.25 
 
 		 449 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  28.39 
 
 		 325 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  30.49 
 
 		 330 aa  85.5  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  28.06 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  29.33 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  25.17 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  25.17 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  25.17 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  25.17 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  26.56 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  30.96 
 
 		 320 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  31.42 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  29.78 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  24.5 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  31.27 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  33.67 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  34.55 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  34.55 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  30.74 
 
 		 328 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  24.1 
 
 		 290 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.17 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.49 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  34.83 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  25.35 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  23.78 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  27.7 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  25.76 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  25.35 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  30.11 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  29.05 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.92 
 
 		 317 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  26.55 
 
 		 299 aa  67  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.99 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.99 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  31.34 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 307 aa  67  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.17 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  25.25 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  24.03 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.89 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  32.35 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  28.62 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  27.78 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  29.84 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  31.58 
 
 		 344 aa  65.9  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  33.12 
 
 		 310 aa  65.5  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  26.27 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  24.5 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0653  integrase family protein  24.91 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.319783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>