More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6462 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  100 
 
 		 310 aa  626  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  35.35 
 
 		 318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  37.04 
 
 		 316 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  35.35 
 
 		 326 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  35.56 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  37 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  34.53 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  34.3 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  34 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  33.66 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  39.43 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  39.43 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  39.43 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  39.43 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  34.67 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 312 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  34.93 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  33.33 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  32.69 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  32.69 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  32.69 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  32.89 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  32.04 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.34 
 
 		 312 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  38.24 
 
 		 325 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  33.22 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  33.22 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  33.22 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  33.22 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  33.22 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  33.22 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  32.13 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  30.87 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  32.66 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  31.89 
 
 		 449 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  30.55 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  30.55 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  29.58 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  28.85 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  26.79 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  31.55 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  26.65 
 
 		 322 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  32.65 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  32.65 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  32.65 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  32.65 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.48 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  29.47 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.91 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  31.8 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  31.48 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2415  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.77 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  31.34 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  35.64 
 
 		 332 aa  73.6  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2821  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.05 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.626713 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  32.8 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  32.26 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  29.53 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  32.51 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  32.79 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.63 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.52 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  36.61 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  26.24 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  27.33 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.62 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.62 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.12 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  29.62 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  29.69 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  34.22 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.62 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  28.82 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.07 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.65 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.6 
 
 		 298 aa  67  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.99 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  30.41 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  27.98 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  28.28 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.96 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  29.45 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  34.8 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  36.32 
 
 		 349 aa  66.2  0.0000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  33.82 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.62 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  31.54 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  35.98 
 
 		 335 aa  65.9  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>