More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6201 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  56.21 
 
 		 310 aa  317  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  43.18 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  43.71 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  44.55 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  43.38 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  43.38 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  43.38 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  41.32 
 
 		 333 aa  219  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  42.62 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  45.18 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  42.11 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  41.42 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  39.66 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  38.72 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  39.86 
 
 		 304 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.41 
 
 		 312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  38.19 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  37 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  38.19 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  38.19 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  38.19 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  36.99 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  37.82 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  35.57 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  35.57 
 
 		 303 aa  145  9e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  32.78 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  33.44 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  33.44 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  33.44 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  33.44 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  33.44 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  33.44 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  35.2 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  32.36 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  32.04 
 
 		 449 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  35.78 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  32.37 
 
 		 330 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  30.79 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  35.32 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  28.17 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  29.43 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  33.5 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  33.5 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  33.5 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  26.6 
 
 		 323 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  27 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  26.33 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2593  integrase family protein  27.34 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  26.78 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.8 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.32 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  26.84 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.06 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  31.63 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  28.72 
 
 		 317 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  31.97 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2640  hypothetical protein  40.91 
 
 		 240 aa  67  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00286282  hitchhiker  0.00560989 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.42 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.51 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  25.51 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  33.8 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  30.11 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  26.6 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  30.18 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  31.87 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  35.33 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  29.8 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  26.22 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  30.08 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  30.49 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  27.37 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  33.5 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  31.78 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  30.99 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  26.91 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.31 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  30.25 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  29.3 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  31.01 
 
 		 197 aa  61.6  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  30.94 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  26.97 
 
 		 302 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.88 
 
 		 345 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  31.01 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  29.92 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  29.07 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.4 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  26.63 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.31 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  29.75 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  33.54 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  29.77 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.89 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>