More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1056 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  100 
 
 		 197 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  98.48 
 
 		 197 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  81.31 
 
 		 198 aa  338  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  66.14 
 
 		 191 aa  256  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  59.46 
 
 		 188 aa  218  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  59.46 
 
 		 188 aa  218  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  59.46 
 
 		 188 aa  218  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  60.98 
 
 		 173 aa  212  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  50 
 
 		 209 aa  201  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  51.09 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  51.38 
 
 		 198 aa  192  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  51.09 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  51.09 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  51.38 
 
 		 198 aa  192  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  51.38 
 
 		 198 aa  192  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  51.09 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  51.38 
 
 		 198 aa  192  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  51.38 
 
 		 198 aa  190  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2513  type 1 fimbriae regulatory protein  49.45 
 
 		 189 aa  186  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3684  integrase family protein  53.99 
 
 		 183 aa  185  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0312945  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  54.44 
 
 		 182 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4235  integrase family protein  58.55 
 
 		 153 aa  182  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.407611 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  47.02 
 
 		 159 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  39.34 
 
 		 193 aa  134  7.000000000000001e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5359  integrase family protein  38.8 
 
 		 204 aa  131  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13733 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0016  Phage integrase  39.75 
 
 		 207 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0260754  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  32.07 
 
 		 284 aa  108  6e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  35.79 
 
 		 302 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  36.31 
 
 		 308 aa  100  1e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  35.11 
 
 		 301 aa  97.1  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.39 
 
 		 296 aa  95.1  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  34.95 
 
 		 311 aa  94  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  36.41 
 
 		 302 aa  93.2  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.85 
 
 		 296 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.85 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.85 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.85 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.85 
 
 		 296 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  31.58 
 
 		 295 aa  91.7  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  34.22 
 
 		 320 aa  91.3  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 296 aa  91.3  9e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  25 
 
 		 297 aa  90.9  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 296 aa  90.9  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 296 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  32.28 
 
 		 302 aa  90.1  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 		 304 aa  89.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 294 aa  90.1  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  38.51 
 
 		 295 aa  89.4  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  32.63 
 
 		 302 aa  89.4  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  32.11 
 
 		 321 aa  89.4  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  32.29 
 
 		 296 aa  89.7  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  33.69 
 
 		 310 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  35.71 
 
 		 293 aa  89.4  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  34.02 
 
 		 296 aa  89  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.84 
 
 		 313 aa  88.2  6e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.95 
 
 		 295 aa  88.6  6e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  32.16 
 
 		 315 aa  88.2  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  32.65 
 
 		 277 aa  87.8  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.64 
 
 		 299 aa  87.4  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  34.66 
 
 		 317 aa  87.4  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  35.22 
 
 		 298 aa  87  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  33.92 
 
 		 304 aa  87  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.98 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  32.98 
 
 		 313 aa  87  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  30.1 
 
 		 297 aa  86.7  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 317 aa  86.7  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 314 aa  87  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  29.41 
 
 		 291 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.71 
 
 		 325 aa  86.3  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  30.81 
 
 		 302 aa  86.3  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  31.71 
 
 		 302 aa  85.9  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  32.88 
 
 		 291 aa  85.9  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0382  integrase family protein  26.6 
 
 		 194 aa  86.3  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00636105 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 298 aa  86.3  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  32.11 
 
 		 300 aa  86.3  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 		 313 aa  85.9  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.09 
 
 		 311 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  30.26 
 
 		 300 aa  85.5  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  29.14 
 
 		 291 aa  85.5  5e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  32.75 
 
 		 306 aa  85.1  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  30.26 
 
 		 309 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  31.32 
 
 		 300 aa  85.5  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  31.35 
 
 		 294 aa  85.5  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>