More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5417 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  100 
 
 		 311 aa  593  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  73.95 
 
 		 311 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  73.63 
 
 		 311 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  69.45 
 
 		 312 aa  391  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  50.32 
 
 		 310 aa  272  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  48.2 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 311 aa  236  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 313 aa  221  9e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  43.09 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  40.98 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  43.41 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  42.41 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  41.31 
 
 		 309 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  42.12 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  42.53 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  40.33 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  40.85 
 
 		 306 aa  195  7e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  40.85 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  41.5 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  43 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  41.18 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  41.69 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  45.34 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  40.26 
 
 		 308 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 306 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  40.65 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  42.57 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  42.05 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  43.82 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  39.87 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2228  inner-membrane translocator  48.88 
 
 		 219 aa  181  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  45.17 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  41.97 
 
 		 306 aa  178  9e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  43.1 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  44.41 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  43.04 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  42.24 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  43.63 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  43.63 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  38.14 
 
 		 435 aa  169  5e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  37.84 
 
 		 425 aa  163  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  43.58 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  40.72 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  40.5 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  39.78 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  41.61 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 440 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  40.59 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 315 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  37.27 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0528  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.34 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 314 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 447 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  32.83 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1023  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 430 aa  144  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.88 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>