More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1416 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  594  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  80.59 
 
 		 305 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  71.57 
 
 		 306 aa  431  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  81.37 
 
 		 306 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  70.92 
 
 		 306 aa  427  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  70.26 
 
 		 306 aa  420  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  80.07 
 
 		 306 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  70.2 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  61.18 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  57.72 
 
 		 308 aa  322  6e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  60.13 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  56.77 
 
 		 306 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  58.5 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  61.99 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  51.64 
 
 		 310 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  57 
 
 		 308 aa  295  6e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  54.21 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  53.27 
 
 		 310 aa  289  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  53.87 
 
 		 306 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  54.97 
 
 		 310 aa  287  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  55.97 
 
 		 306 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  55.97 
 
 		 306 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  47.18 
 
 		 310 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  54.27 
 
 		 306 aa  278  8e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  55.88 
 
 		 308 aa  278  8e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  54.08 
 
 		 309 aa  276  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  53.18 
 
 		 309 aa  275  5e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  53.69 
 
 		 306 aa  275  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  52.33 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  54.25 
 
 		 310 aa  271  7e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  54.25 
 
 		 310 aa  271  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  52.51 
 
 		 309 aa  271  9e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  52.32 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  51.33 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  51.99 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  51.99 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  51.99 
 
 		 326 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  51.68 
 
 		 306 aa  269  5e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  54.21 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  52.35 
 
 		 306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  50.66 
 
 		 308 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  56.21 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  57.52 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  50.84 
 
 		 307 aa  261  8e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  51.56 
 
 		 306 aa  261  8e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  52.6 
 
 		 306 aa  255  7e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  52.68 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  54.83 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  53.29 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  53.29 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  56.21 
 
 		 308 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  48.46 
 
 		 311 aa  245  8e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  43.61 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  45.72 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 303 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  45.51 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  50 
 
 		 303 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  50.5 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  52.23 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.9 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 305 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  43.75 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  42.77 
 
 		 313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  50.34 
 
 		 296 aa  222  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  44.74 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  42.44 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  43.46 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  43.15 
 
 		 290 aa  189  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 312 aa  189  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 308 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 425 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  39.81 
 
 		 312 aa  172  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2228  inner-membrane translocator  47.47 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 319 aa  169  5e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3024  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6455  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0310554 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1793  inner-membrane translocator  45.02 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0672209  normal  0.497381 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.48 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3946  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>