More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5876 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  590  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  52.16 
 
 		 308 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  57.38 
 
 		 305 aa  305  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  52.61 
 
 		 306 aa  305  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  54.25 
 
 		 306 aa  305  9.000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  55.12 
 
 		 306 aa  302  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  57.76 
 
 		 306 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  57.62 
 
 		 306 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  57.76 
 
 		 306 aa  298  7e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  54.13 
 
 		 306 aa  295  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  59.18 
 
 		 308 aa  293  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  53.09 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  54.64 
 
 		 306 aa  292  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  54.28 
 
 		 306 aa  292  5e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  53.95 
 
 		 306 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  54.28 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  51.99 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  53.09 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 310 aa  288  9e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  52.12 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  53.8 
 
 		 309 aa  281  9e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  49.01 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  54.52 
 
 		 309 aa  279  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  53.97 
 
 		 309 aa  278  7e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 306 aa  278  9e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  50.99 
 
 		 309 aa  275  8e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  50.99 
 
 		 308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  50.5 
 
 		 308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  57.1 
 
 		 306 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  50 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  48.68 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  48.04 
 
 		 326 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  56.77 
 
 		 306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  54.7 
 
 		 306 aa  265  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  54.33 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  56.11 
 
 		 306 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  52.3 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  54.61 
 
 		 306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  43.38 
 
 		 310 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  50.65 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  50.8 
 
 		 310 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  54.01 
 
 		 306 aa  255  8e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  54.01 
 
 		 306 aa  255  8e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  51.19 
 
 		 308 aa  255  8e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 305 aa  254  9e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  52.61 
 
 		 306 aa  248  9e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  50.16 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  51.86 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  45.7 
 
 		 309 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  51.86 
 
 		 310 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 303 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  49.15 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  51.37 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  45.99 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.77 
 
 		 306 aa  222  6e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  45.7 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 308 aa  216  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  43.75 
 
 		 306 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  42.65 
 
 		 313 aa  207  3e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  44.88 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  40.26 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  46.95 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  39.61 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  37.94 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 314 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  39.32 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  39 
 
 		 314 aa  168  9e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2228  inner-membrane translocator  49.19 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  36.95 
 
 		 314 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  37.94 
 
 		 309 aa  165  9e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2022  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 312 aa  162  9e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  36 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0429  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.335933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4144  inner-membrane translocator  38.39 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>