More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3901 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  82.35 
 
 		 306 aa  483  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  83.66 
 
 		 306 aa  479  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  80.39 
 
 		 306 aa  464  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  82.95 
 
 		 306 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  77.45 
 
 		 307 aa  448  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  81.7 
 
 		 306 aa  447  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  75.82 
 
 		 306 aa  443  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  80 
 
 		 305 aa  429  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  66.34 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  65.69 
 
 		 306 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  70.25 
 
 		 306 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  73.48 
 
 		 306 aa  363  1e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  63.73 
 
 		 306 aa  361  9e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  63.73 
 
 		 306 aa  361  1e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  70.97 
 
 		 306 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  70.97 
 
 		 306 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  69.53 
 
 		 306 aa  358  8e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  64.05 
 
 		 306 aa  357  9e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 308 aa  307  1.0000000000000001e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  52.12 
 
 		 306 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  54.58 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  53.51 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  59.4 
 
 		 308 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  52.35 
 
 		 309 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  53.62 
 
 		 306 aa  280  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  53.29 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  53.62 
 
 		 306 aa  278  6e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  51.68 
 
 		 309 aa  277  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  46.41 
 
 		 310 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  52.82 
 
 		 308 aa  264  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  45.79 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  49.18 
 
 		 308 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  49.02 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  47.87 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  49.83 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  48.33 
 
 		 310 aa  244  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  52.05 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  47.97 
 
 		 308 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 309 aa  241  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  49.66 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  51.14 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  52.35 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  47.37 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  48.28 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  49 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  49 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  48.66 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  47.65 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  43.04 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  43.31 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  48.03 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  42.05 
 
 		 303 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  43 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  43.37 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  42.52 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  44.63 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  44 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  41.39 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  47.12 
 
 		 296 aa  202  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  42.02 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  42.35 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  47.7 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  48.03 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  40 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2228  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 445 aa  162  9e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  35.5 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.25 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0429  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.335933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  35.2 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  34.09 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4429  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.626915 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  40.42 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 315 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4144  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  36.54 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>