More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3584 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  100 
 
 		 321 aa  627  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  88.16 
 
 		 321 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  87.54 
 
 		 321 aa  545  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0635  inner-membrane translocator  72.27 
 
 		 322 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  65.94 
 
 		 323 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  66.56 
 
 		 323 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  67.19 
 
 		 323 aa  427  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  65.31 
 
 		 323 aa  415  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3654  inner-membrane translocator  66.36 
 
 		 323 aa  415  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  60.31 
 
 		 321 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  61.01 
 
 		 321 aa  374  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  60.31 
 
 		 321 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  61.64 
 
 		 322 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  59.88 
 
 		 325 aa  364  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  61.64 
 
 		 322 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3097  inner-membrane translocator  58.38 
 
 		 335 aa  344  1e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0564  inner-membrane translocator  55.73 
 
 		 324 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.163517 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  45.95 
 
 		 307 aa  249  5e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  44.48 
 
 		 319 aa  242  7e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  44.17 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  44.17 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  43.87 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  43.87 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  43.25 
 
 		 319 aa  239  5e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  46.48 
 
 		 303 aa  239  5.999999999999999e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  43.56 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  43.12 
 
 		 425 aa  238  1e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 309 aa  236  4e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  43.25 
 
 		 319 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  42.94 
 
 		 319 aa  235  8e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 307 aa  232  8.000000000000001e-60  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 319 aa  231  2e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  43.63 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  42.22 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  40.58 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  42.22 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  43.57 
 
 		 344 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0859  ABC transporter permease  39.94 
 
 		 318 aa  228  1e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  42.68 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  43.43 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  45.02 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  40.57 
 
 		 346 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  41.42 
 
 		 312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  43.43 
 
 		 319 aa  219  7e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  41.53 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0957  sugar ABC transporter, permease protein, putative  37.69 
 
 		 318 aa  216  4e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.192021  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  43.09 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 311 aa  211  9e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0075  ABC transporter permease  41.43 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  40.57 
 
 		 346 aa  209  4e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 284 aa  208  8e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 284 aa  208  8e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  41.53 
 
 		 435 aa  206  3e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 286 aa  203  4e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0480  inner-membrane translocator  40.45 
 
 		 288 aa  202  6e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  38.49 
 
 		 425 aa  201  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 440 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1609  ABC transporter permease  35.28 
 
 		 318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.342932  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  35.69 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 445 aa  197  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1947  ABC transporter, permease protein  40.72 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0161328  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1023  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 430 aa  195  7e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1677  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 316 aa  193  3e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0810  inner-membrane translocator  42.95 
 
 		 426 aa  193  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1691  inner-membrane translocator  40.84 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  37.69 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1454  ABC transporter permease  36.31 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4194  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 428 aa  189  5e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0298  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 312 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000156884  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0524  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 288 aa  189  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 447 aa  188  9e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0754  inner-membrane translocator  42.41 
 
 		 426 aa  188  1e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.56279  normal  0.0522035 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  36.78 
 
 		 317 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  38.17 
 
 		 314 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21250  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  38.44 
 
 		 444 aa  186  7e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 429 aa  183  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1355  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 430 aa  182  6e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3946  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 435 aa  179  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765418 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  39.19 
 
 		 308 aa  179  8e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0956  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 317 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0458  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0751  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000454798  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0519  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1078  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6736  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 320 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0758  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.516534  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0699  ribose/galactose ABC transporter, permease protein  35.6 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0638  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2037  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.249578  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1660  ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>