More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3657 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  100 
 
 		 315 aa  612  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0918  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 276 aa  217  2e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2116  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0563  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3627  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6251  inner-membrane translocator  41.5 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.475963 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  39 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  38.7 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 321 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1078  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0635  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236565 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 310 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 325 aa  175  8e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  37.82 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  37.33 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  37.02 
 
 		 322 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 346 aa  172  9e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  36.12 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 323 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 319 aa  169  4e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 319 aa  169  4e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  35.69 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3654  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0751  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000454798  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2124  inner-membrane translocator  40.39 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  34.73 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  34.38 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  34.73 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  34.41 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  34.41 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 308 aa  162  6e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  34.41 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 319 aa  160  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3097  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 319 aa  159  7e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 308 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  38.13 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  38.13 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.58 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21250  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  36.01 
 
 		 444 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  34.56 
 
 		 344 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4444  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 298 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0007  ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.785544  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0004  ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0611392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  37.75 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  36.22 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 447 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  36.56 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1691  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.9 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.02 
 
 		 425 aa  146  5e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>