More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3339 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  100 
 
 		 323 aa  634    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  72.14 
 
 		 323 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  72.14 
 
 		 323 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3654  inner-membrane translocator  74.61 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  68.42 
 
 		 323 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  67.19 
 
 		 321 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0635  inner-membrane translocator  66.14 
 
 		 322 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  65.33 
 
 		 321 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  63.72 
 
 		 321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  64.04 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  64.22 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  62.8 
 
 		 321 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  60.99 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  63.5 
 
 		 322 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  63.8 
 
 		 322 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3097  inner-membrane translocator  58.46 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0564  inner-membrane translocator  57.76 
 
 		 324 aa  329  5.0000000000000004e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.163517 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  44.84 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  43.77 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  40.12 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  40.12 
 
 		 319 aa  231  1e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  40.58 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  41.39 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 		 319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  39.82 
 
 		 319 aa  225  8e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  41.9 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  45.02 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0859  ABC transporter permease  38.3 
 
 		 318 aa  222  4.9999999999999996e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  39.82 
 
 		 319 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  39.51 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  39.21 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  41.72 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  39.51 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  39.21 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  39.21 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  40.88 
 
 		 425 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  40.32 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  40.88 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  41.09 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  39.56 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0957  sugar ABC transporter, permease protein, putative  36.39 
 
 		 318 aa  209  7e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.192021  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 312 aa  206  3e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  41.9 
 
 		 435 aa  204  1e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  38.48 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1609  ABC transporter permease  36.47 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.342932  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 440 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  39.41 
 
 		 344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 447 aa  200  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 346 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0075  ABC transporter permease  37.99 
 
 		 318 aa  199  7e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1677  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 316 aa  196  5.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  38.34 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  38.34 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  36.31 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1947  ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0161328  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1454  ABC transporter permease  35.05 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 286 aa  188  1e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1691  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  38.44 
 
 		 425 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 445 aa  186  4e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1023  inner-membrane translocator  43.97 
 
 		 430 aa  186  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  36.02 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0480  inner-membrane translocator  36.74 
 
 		 288 aa  179  4e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 429 aa  179  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0956  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0810  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 426 aa  179  7e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1355  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 430 aa  178  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  36.56 
 
 		 317 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0524  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 288 aa  176  6e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  38.29 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 		 317 aa  175  9e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4194  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 428 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0754  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 426 aa  172  6.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.56279  normal  0.0522035 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0758  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 317 aa  169  8e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.516534  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3946  inner-membrane translocator  38.39 
 
 		 435 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765418 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0638  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 299 aa  165  6.9999999999999995e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0751  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000454798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.77 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1660  ABC transporter, permease protein  35.56 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3236  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 420 aa  161  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0458  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0156  ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1078  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21250  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  35.76 
 
 		 444 aa  161  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0298  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000156884  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>