More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0260 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  100 
 
 		 323 aa  634    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  82.66 
 
 		 323 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  81.73 
 
 		 323 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  68.42 
 
 		 323 aa  444  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3654  inner-membrane translocator  68.11 
 
 		 323 aa  427  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  65.31 
 
 		 321 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  63.75 
 
 		 321 aa  401  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  62.81 
 
 		 321 aa  404  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0635  inner-membrane translocator  62.81 
 
 		 322 aa  402  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  62.93 
 
 		 321 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  63.38 
 
 		 325 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  60.75 
 
 		 321 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  62.54 
 
 		 322 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  62.54 
 
 		 322 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  60.44 
 
 		 321 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0564  inner-membrane translocator  57.41 
 
 		 324 aa  331  9e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.163517 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3097  inner-membrane translocator  53.73 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  41.56 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  41.29 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  41.29 
 
 		 319 aa  236  6e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  44.19 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  42.72 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  40.26 
 
 		 319 aa  224  1e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  43.6 
 
 		 303 aa  222  7e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  40.73 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  42.55 
 
 		 435 aa  219  3.9999999999999997e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  40.91 
 
 		 319 aa  219  5e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  40.61 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  40.91 
 
 		 319 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 		 319 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  43.03 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  40.61 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  43.31 
 
 		 306 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  42.42 
 
 		 319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  40.32 
 
 		 311 aa  212  5.999999999999999e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0859  ABC transporter permease  39.51 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  42.02 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0957  sugar ABC transporter, permease protein, putative  38.63 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.192021  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  41.08 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  41.41 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 425 aa  202  4e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  41.56 
 
 		 344 aa  202  5e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1677  inner-membrane translocator  38.07 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  38.75 
 
 		 425 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1023  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 430 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0075  ABC transporter permease  40.24 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1609  ABC transporter permease  35.54 
 
 		 318 aa  195  7e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.342932  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 447 aa  195  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 346 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1947  ABC transporter, permease protein  39.48 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0161328  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  37.76 
 
 		 317 aa  192  5e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  35.8 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  37.39 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0480  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 288 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1454  ABC transporter permease  37.08 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1691  inner-membrane translocator  39.69 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  39.75 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 429 aa  186  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0524  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 288 aa  186  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3946  inner-membrane translocator  40.26 
 
 		 435 aa  182  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765418 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0298  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 312 aa  182  7e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000156884  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0156  ABC transporter, permease protein  35.39 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1355  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 430 aa  178  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0810  inner-membrane translocator  38.15 
 
 		 426 aa  177  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0956  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 317 aa  176  7e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4194  inner-membrane translocator  38.34 
 
 		 428 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0519  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 293 aa  170  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 445 aa  169  8e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21250  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  36.99 
 
 		 444 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0758  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.516534  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0754  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 426 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.56279  normal  0.0522035 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2518  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0638  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0751  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000454798  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3236  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 420 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1660  ABC transporter, permease protein  36.81 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.53 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  33.95 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>