More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4010 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  100 
 
 		 310 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  43.51 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  46.79 
 
 		 314 aa  228  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  42.95 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  44.9 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  41.5 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  40.58 
 
 		 310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  43.59 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  43.09 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  42.44 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  38.29 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2935  inner-membrane translocator  42.66 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  41.53 
 
 		 309 aa  205  7e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  43.04 
 
 		 435 aa  205  7e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 314 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  40.88 
 
 		 425 aa  198  7.999999999999999e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  44.11 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  40.97 
 
 		 321 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  39.55 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  42.19 
 
 		 308 aa  195  8.000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 346 aa  195  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  39.75 
 
 		 323 aa  195  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  40.97 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 323 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  41.78 
 
 		 293 aa  193  4e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 313 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  38.56 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  42.52 
 
 		 429 aa  189  5e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 319 aa  189  7e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 319 aa  188  9e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  41.42 
 
 		 440 aa  187  2e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0564  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 324 aa  186  3e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.163517 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  41.5 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 		 306 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  41.01 
 
 		 319 aa  185  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  40.38 
 
 		 319 aa  185  8e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  41.01 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  41.01 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  40.69 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  42.27 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.63 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  40.69 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0751  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000454798  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  38.76 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0524  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  40.89 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  40.19 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  40.78 
 
 		 447 aa  182  7e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 425 aa  182  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 319 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  38.39 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3992  inner-membrane translocator  40 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.180455  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  43.25 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5334  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0480  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 288 aa  178  9e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  43.25 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 284 aa  177  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1677  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 319 aa  176  3e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 315 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4429  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.626915 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0957  sugar ABC transporter, permease protein, putative  38.82 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.192021  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3654  inner-membrane translocator  38.77 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  40.94 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  41.08 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0859  ABC transporter permease  36.83 
 
 		 318 aa  176  6e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  40.54 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4144  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  41.52 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  42.24 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  40.33 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  37.5 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>