More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5057 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  100 
 
 		 305 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  81.64 
 
 		 305 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  71.95 
 
 		 304 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  58.55 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  59.15 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  59.15 
 
 		 306 aa  312  4.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  64.71 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  59.15 
 
 		 306 aa  309  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  67.97 
 
 		 308 aa  306  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  53.18 
 
 		 308 aa  299  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  64.71 
 
 		 308 aa  297  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  58.82 
 
 		 306 aa  291  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  58.5 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  58.17 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  64.71 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  58.88 
 
 		 304 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  50.33 
 
 		 310 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  54.58 
 
 		 308 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  55.67 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  56.33 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  56.67 
 
 		 326 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  56 
 
 		 308 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  54.39 
 
 		 310 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  56 
 
 		 309 aa  268  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  51.47 
 
 		 306 aa  264  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  52.01 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  51.79 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  50.16 
 
 		 306 aa  263  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  55.07 
 
 		 310 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  55.07 
 
 		 310 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  55.59 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  57.88 
 
 		 308 aa  259  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  52.03 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  52.03 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  53.38 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  50.34 
 
 		 306 aa  255  5e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  51.14 
 
 		 310 aa  252  5.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  50.52 
 
 		 306 aa  248  9e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  51.36 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  50.84 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  45.93 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  47.3 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  53.2 
 
 		 306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  50.51 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  49.5 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  47.62 
 
 		 307 aa  242  6e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  52.43 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  51.74 
 
 		 303 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  51.01 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  51.37 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  52.74 
 
 		 306 aa  232  5e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  52.05 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  52.05 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  53.17 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  47.65 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  51.25 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  47.35 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.7 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  49.49 
 
 		 311 aa  218  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  50.16 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  50.68 
 
 		 306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  42.54 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  46.73 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  46.73 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  41.56 
 
 		 310 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  47.25 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  39.74 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  44.18 
 
 		 311 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  43.25 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2935  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  40.72 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 321 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.8 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 321 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 319 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  42.39 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  39.43 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  41.87 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 346 aa  159  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.25 
 
 		 314 aa  159  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0429  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.335933  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>