More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1978 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  99.67 
 
 		 306 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  94.44 
 
 		 306 aa  553  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  86.6 
 
 		 306 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  83.99 
 
 		 306 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  63.73 
 
 		 306 aa  362  4e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  63.73 
 
 		 306 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  62.42 
 
 		 306 aa  359  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  65.75 
 
 		 306 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  63.07 
 
 		 306 aa  355  5e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  64.05 
 
 		 306 aa  355  5.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  61.76 
 
 		 307 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  63.28 
 
 		 306 aa  338  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  66.44 
 
 		 306 aa  332  4e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  64.92 
 
 		 305 aa  331  7.000000000000001e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  67.92 
 
 		 306 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  66.1 
 
 		 306 aa  322  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  66.1 
 
 		 306 aa  322  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  65.07 
 
 		 306 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  56.39 
 
 		 308 aa  319  3e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  58.02 
 
 		 305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  59.59 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  59.02 
 
 		 308 aa  292  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 309 aa  292  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  53.47 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  58.19 
 
 		 310 aa  290  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  53.14 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  53.95 
 
 		 306 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  59.25 
 
 		 306 aa  288  8e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  52.15 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  58.56 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  55.23 
 
 		 326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  53.11 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  54.43 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  54.1 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  47.85 
 
 		 310 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  53.44 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  53.44 
 
 		 308 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  52.29 
 
 		 308 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  54.7 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  57 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 310 aa  255  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  51.97 
 
 		 305 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  55.78 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  55.59 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  55.59 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  52.19 
 
 		 306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  47.99 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  51.17 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  51.17 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  52.03 
 
 		 305 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  48.45 
 
 		 311 aa  235  9e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  43.75 
 
 		 309 aa  230  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  53.92 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  45.21 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  54.27 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  47.48 
 
 		 308 aa  219  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  45.9 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  44.41 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  54.61 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  46.8 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  41.23 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.92 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  50.51 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  41.53 
 
 		 311 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 290 aa  192  5e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 311 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  41.08 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  39.68 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  46.72 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  39.46 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  42.24 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.28 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  37.77 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 313 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0429  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.335933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2228  inner-membrane translocator  50 
 
 		 219 aa  158  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1793  inner-membrane translocator  40.58 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0672209  normal  0.497381 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1593  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.42882 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.63 
 
 		 425 aa  155  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  36.63 
 
 		 435 aa  155  6e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  34.37 
 
 		 327 aa  155  7e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>