More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2656 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  100 
 
 		 307 aa  599  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4429  inner-membrane translocator  83.22 
 
 		 305 aa  482  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.626915 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3578  inner-membrane translocator  81.43 
 
 		 307 aa  470  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3992  inner-membrane translocator  74.92 
 
 		 320 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.180455  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  68.2 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  62.42 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  61.78 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  64.33 
 
 		 313 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  63.06 
 
 		 314 aa  377  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  62.34 
 
 		 315 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2935  inner-membrane translocator  61.98 
 
 		 313 aa  365  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  63.58 
 
 		 314 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  61.59 
 
 		 315 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  61.27 
 
 		 315 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5334  inner-membrane translocator  66.24 
 
 		 314 aa  353  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  62.42 
 
 		 314 aa  352  5e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0934  inner-membrane translocator  67.52 
 
 		 314 aa  338  8e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.509235  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  45.15 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  41.41 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4145  inner-membrane translocator  42.27 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  41.29 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  42.36 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 312 aa  169  7e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  35.25 
 
 		 309 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  42.04 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 346 aa  165  8e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  39.16 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 306 aa  162  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  42.39 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  40.27 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  36.93 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 346 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  36.49 
 
 		 425 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1593  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.42882 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  39.93 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  39.16 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 325 aa  152  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05420  nucleoside ABC transporter membrane protein  33.69 
 
 		 394 aa  152  8e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.905807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  33.87 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  41.52 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  37.75 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.98 
 
 		 322 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 445 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0635  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1793  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0672209  normal  0.497381 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 308 aa  146  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  33.12 
 
 		 321 aa  145  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  35.14 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  39.59 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.39 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>