More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1945 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  100 
 
 		 314 aa  614  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  81.21 
 
 		 315 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0342  putative ABC sugar transporter, inner membrane subunit  79.81 
 
 		 315 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1986  inner-membrane translocator  79.81 
 
 		 315 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.800217  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  65.36 
 
 		 313 aa  402  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  62.74 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  63.69 
 
 		 314 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  63.38 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  64.42 
 
 		 314 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2935  inner-membrane translocator  64.97 
 
 		 313 aa  383  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3992  inner-membrane translocator  63.98 
 
 		 320 aa  378  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.180455  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2656  inner-membrane translocator  63.58 
 
 		 307 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.519429  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  61.98 
 
 		 314 aa  364  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4429  inner-membrane translocator  61.34 
 
 		 305 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.626915 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5334  inner-membrane translocator  63.14 
 
 		 314 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3578  inner-membrane translocator  60.83 
 
 		 307 aa  352  5e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0934  inner-membrane translocator  66.45 
 
 		 314 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.509235  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  46.79 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  39.55 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  40.39 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  39.23 
 
 		 312 aa  192  8e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  39.17 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.19 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4145  inner-membrane translocator  41.72 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  36.42 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  41.47 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  38.76 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  39.17 
 
 		 308 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  39.17 
 
 		 326 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 319 aa  180  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  35.09 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 346 aa  178  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  38.85 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  35.4 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  35.09 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  39 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 306 aa  175  8e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  38.76 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 319 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  40.26 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 440 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2684  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000451986  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  38.61 
 
 		 435 aa  167  2e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 447 aa  166  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  36.58 
 
 		 429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 310 aa  165  9e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  38.51 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  38.38 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  34.55 
 
 		 344 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0754  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 426 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.56279  normal  0.0522035 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0810  inner-membrane translocator  38.59 
 
 		 426 aa  159  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  37.67 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 311 aa  159  8e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  32.69 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  37.71 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  32.36 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4144  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  37.71 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1023  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 430 aa  155  6e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>