More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3455 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  100 
 
 		 306 aa  598  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  78.43 
 
 		 306 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  76.8 
 
 		 306 aa  464  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  76.14 
 
 		 307 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  76.8 
 
 		 306 aa  453  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  78.08 
 
 		 306 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  75.82 
 
 		 306 aa  441  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  77.7 
 
 		 306 aa  441  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  76.39 
 
 		 305 aa  417  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  78.76 
 
 		 306 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  73.2 
 
 		 306 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 306 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  71.9 
 
 		 306 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  72.55 
 
 		 306 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  72.55 
 
 		 306 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  66.34 
 
 		 306 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  64.71 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  63.4 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  63.73 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  54.46 
 
 		 308 aa  322  5e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  59.26 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  51.99 
 
 		 306 aa  288  7e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  55.14 
 
 		 306 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  53.58 
 
 		 305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  57.68 
 
 		 308 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  54.45 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  54.45 
 
 		 306 aa  278  6e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 		 309 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  50 
 
 		 309 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  46.2 
 
 		 310 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 309 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  51.68 
 
 		 304 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  52.82 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  47.16 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  49.16 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  49 
 
 		 326 aa  255  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  48.99 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  47.3 
 
 		 308 aa  252  6e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  51.32 
 
 		 304 aa  248  8e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  47.97 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  50.67 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  51.52 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  50.67 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  47.04 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  45.97 
 
 		 305 aa  238  6.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  42.43 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  51.19 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  47.16 
 
 		 306 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  48.97 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  51.19 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  45.93 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  49.67 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  47.35 
 
 		 306 aa  225  9e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  47.7 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  44.73 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  42.53 
 
 		 313 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  41.72 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  43.88 
 
 		 306 aa  215  9e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  46.49 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  47.37 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.62 
 
 		 306 aa  211  2e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  46.05 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  41.39 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  48.98 
 
 		 296 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  47.7 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  44.19 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  43.06 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  41.23 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  45.49 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  40.26 
 
 		 311 aa  191  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  39.16 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4144  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  36.18 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  35.55 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0429  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 332 aa  168  8e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.335933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1945  putative permease component of branched-chain amino acid transport system  38.91 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280306  hitchhiker  0.0000756966 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  41.28 
 
 		 312 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0954  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.383149  normal  0.118592 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1793  inner-membrane translocator  40.97 
 
 		 290 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0672209  normal  0.497381 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 445 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>