More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2963 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  100 
 
 		 308 aa  596  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  74.01 
 
 		 310 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  75 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  75 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  72.31 
 
 		 306 aa  383  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  65.46 
 
 		 307 aa  333  2e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  53.44 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  56.91 
 
 		 306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  56.15 
 
 		 306 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  62.75 
 
 		 296 aa  302  5.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  55.99 
 
 		 306 aa  301  9e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  55.66 
 
 		 306 aa  299  4e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  55.63 
 
 		 305 aa  299  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  58.11 
 
 		 304 aa  298  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  59.04 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  52.79 
 
 		 310 aa  295  7e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  56.11 
 
 		 306 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  53.07 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  53.59 
 
 		 306 aa  292  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  52.82 
 
 		 306 aa  285  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  52.61 
 
 		 306 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  47.85 
 
 		 310 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  52.29 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  52.27 
 
 		 306 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  52.82 
 
 		 306 aa  281  7.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  52.82 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  54.34 
 
 		 308 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  54.51 
 
 		 306 aa  279  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  55.59 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  54.43 
 
 		 326 aa  279  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  55.03 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  51.19 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  53.67 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 307 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1700  inner-membrane translocator  57.81 
 
 		 308 aa  272  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.132116 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  55.22 
 
 		 308 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  54.58 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  52.86 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  57 
 
 		 306 aa  269  5e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  56.66 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  55.74 
 
 		 304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  55.63 
 
 		 306 aa  265  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  55.63 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  50.32 
 
 		 310 aa  263  4e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  48.7 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  49.35 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  49.03 
 
 		 309 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  53.02 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1118  inner-membrane translocator  57.48 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0685582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  56.06 
 
 		 306 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1061  inner-membrane translocator  57.44 
 
 		 306 aa  255  6e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.597012  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1064  inner-membrane translocator  57.44 
 
 		 306 aa  255  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3175  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.397069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  47.42 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  50.49 
 
 		 303 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  51.52 
 
 		 311 aa  247  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  46.05 
 
 		 309 aa  245  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  49.51 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2019  inner-membrane translocator  58.47 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0492812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2147  inner-membrane translocator  56.91 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0805  putative transmembrane ABC transporter protein  55.25 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  50 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  47 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.85 
 
 		 306 aa  236  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  47.51 
 
 		 306 aa  232  6e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  41.91 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  48 
 
 		 306 aa  215  7e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  50.91 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6455  inner-membrane translocator  41.02 
 
 		 308 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0310554 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2022  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  40.68 
 
 		 308 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4850  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 310 aa  196  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1115  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 306 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1703  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.209292 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  41.24 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5417  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  43.45 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0534576  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  45.21 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  46.44 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 312 aa  180  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3024  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0429  inner-membrane translocator  41.98 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.335933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4622  ABC transporter permease  36.61 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0459008 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 314 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3149  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.354296 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0767  inner-membrane translocator  38.17 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 314 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 314 aa  175  8e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5274  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.83 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.34998  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0272  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2108  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>